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r - 我无法安装任何 Bioconductor 软件包：“readRDS(dest) 中的错误：从连接读取错误”

问题描述

您好（这是我的第一条信息，如果有问题，我很抱歉），

这几天我一直有这个问题。我无法安装新软件包，我已经阅读了类似的问题，但就我而言，问题仅在我尝试安装新的Bioconductor软件包时出现（或者当我删除旧的软件包并尝试重新安装它时）。问题是我总是得到下一条消息的一些变化（在这个例子中，我试图安装 ComplexHeatmap）：

BiocManager::install("ComplexHeatmap")

Bioconductor 版本 3.12 (BiocManager 1.30.13)、R 4.0.0 (2020-04-24) 安装包“BiocVersion”、“ComplexHeatmap”还安装依赖项“shape”、“rjson”、“BiocGenerics”、“ circlize，“GetoptLong”，“colorspace”，“clue”，“RColorBrewer”，“GlobalOptions”，“png”，“Cairo”，“S4Vectors”，“IRanges”，“matrixStats”</p>

无法打开 URL
'https://bioconductor.org/packages/3.12/data/annotation/bin/windows/contrib/4.0/PACKAGES.rds'：HTTP 状态为'404 Not Found'旧包：'installr'，'boot '，'class'，'cluster'，'codetools'，'foreign'，'KernSmooth'，'lattice'，'MASS'，'Matrix'，'mgcv'，'nlme'，'nnet'，'spatial'， “生存”更新全部/部分/无？[a/s/n]：更新全部/部分/无？[a/s/n]：

它对我说我必须安装 X 包，所以我输入“a”然后发生这种情况：

readRDS(dest) 中的错误：从连接中读取错误

第一次尝试后，我只收到第二条消息，直到我重新启动 R。

我努力了：

我尝试安装以前版本的 BiocManager，但无法安装。一切都更新了。非常感谢您的关注，非常感谢您的帮助。

标签： rpackageuninstallationbioconductor

解决方案

这是BiocManager 1.30.13 的一个已知问题。通过运行以下命令安装开发版本：

install.packages("devtools")    
devtools::install_github("Bioconductor/BiocManager", ref="ghost-binary-repo")

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