r - 如何以数据框格式绘制主成分的方差？

Question

我正在尝试绘制如下所示的内容，但使用数据框对象。我的特征值采用 DF 格式，如下所示。我们怎样才能把它画出来？

library("factoextra")
data(iris)
res.pca <- prcomp(iris[, -5],  scale = TRUE)
# Extract the  eigenvalues/variances
get_eig(res.pca)
fviz_eig(res.pca, geom="line")

DF <- as.data.frame(res.pca$x)

标签： rpca

Answer 1

您可以计算解释方差的比例，如下所示：

library(factoextra)
library(tidyverse)

data(iris)
res.pca <- prcomp(iris[, -5],  scale = TRUE)

DF <- as.data.frame(res.pca$x)

new_DF <- tibble(`Percentage of Variance Explained` = c(sd(DF$PC1)^2 / 4,
                                              sd(DF$PC2)^2 / 4,
                                              sd(DF$PC3)^2 / 4,
                                              sd(DF$PC4)^2 / 4),
                 Dimensions = 1:4)
ggplot(new_DF, aes(x = Dimensions, y = `Percentage of Variance Explained`)) +
  geom_line() +
  geom_point() +
  scale_y_continuous(labels = scales::percent_format())