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r - 确定 R 中 docker 映像所需的软件包

问题描述

我有一个非常简单的脚本：

library(datasets)
library(caret)

data(iris)

index <- createDataPartition(iris$Species, p=0.80, list=FALSE)
testset <- iris[-index,]
trainset <- iris[index,]

model = train(Species ~ ., 
                  data=trainset, 
                  method="rpart", 
                  trControl = trainControl(method = "cv"))

正如您可能知道的那样，该脚本将 rpart 分类模型拟合到 iris 数据集。所以我知道我的 docker 图像至少需要插入符号（或者可能只是 rpart，因为 docker 用于对模型进行评分？）。我认为 R 还单独基于插入符语句加载了一些其他包。因此，为了尝试确定我的 docker 映像需要哪些包，我想我会这样做：

x <- .packages(TRUE)
x

不幸的是，这给了我一个（太？）很长的包列表，但也许它们都是运行这个脚本所必需的（我理解插入符号构建在许多包之上）。请问获得所需软件包的明确列表的最佳做法是什么？

PS：

顺便说一句，数据集是 R 基础的一部分吗？

标签： rdocker

解决方案

我的建议是创建一个新的 R 项目并使用该renv包进行依赖管理。请参阅有关如何设置的文档。在 RStudio 中创建新项目时，您甚至可以选择“将此项目使用 renv”选项。

在构建 Docker 映像之前，renv::snapshot()最后运行一次，它将所需的依赖项保存到您的renv.lock文件中。

然后，在您的 Dockerfile 中，安装renv，将文件复制renv.lock到容器中，以及renv::restore()构建映像时的依赖项。由于renv旨在用于交互式使用，因此您必须为无监督安装设置一些特殊参数——将其作为样板起点：

# Copy renv.lock file
COPY ./renv.lock /renv.lock

# Install R packages
RUN R -e "install.packages('renv')"
RUN R -e "renv::consent(provided = TRUE)"
RUN R -e "renv::restore(prompt = FALSE)"

您还可以查看有关在Docker 中使用 renv的专用文档。

这应该安装脚本所需的所有必要依赖项。

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