r - HClust 对象的顺序是否给出了标签出现在树上的顺序？

Question

我正在对表达式数据进行 WGCNA，并使用以下hclust函数进行了聚类：

hierADJ=hclust(as.dist(dissADJ), method="average" )

然后我绘制这个聚类（带有来自模块检测的一些额外颜色）

plotDendroAndColors(hierADJ, colors = colorStaticADJ,
                dendroLabels = FALSE, abHeight = 0.99,
                main = "Gene dendrogram and module colors")

查看下图中的结果

我的问题是：当我有 hclust 对象 hierADJ 时，如果我这样做：

hierADJ$labels[hierADJ$order]

它是否给了我提示出现的顺序（从左到右）？在进一步分析之前，我真的需要确定这一点

标签： rcluster-analysis

Answer 1

这是使用部分iris数据集来查看标签是否匹配的测试：

library(WGCNA)
data(iris)
iris.sub <- iris[c(1:5, 51:55, 101:105), ]
iris.hcl$labels[iris.hcl$order]
# [1] "1"   "5"   "2"   "3"   "4"   "54"  "102" "51"  "53"  "52"  "55"  "103" "101" "104" "105"
clr <- as.numeric(iris.sub$Species) + 1
plotDendroAndColors(iris.hcl, colors=clr)

请注意，绘图上的标签与上面列出的标签匹配。