r - 计算两列之间的差异时出错

Question

我有一个包含以下列的文件：

seqname start SNP gene
ch01    21900 ch01_21900 H024400 

我有一个包含以下列的 gff 文件：

V1 V2 V3 V4 V5 V6 V7 V8 V9
ch01 MAKER cds 21882 22007 . - 0 ID=H0224400

我想要File1 列和 gff 文件列start之间的碱基对差异。V4我用了：

distance<-File1$start - gff$V4

它没有输出任何东西。File1有 20 行和gff文件 10000 行。我想计算相同基因的差异（ File1gene中的列V9和 gff 文件中的列）。谢谢你！

标签： r