r - 如何在 R 中创建圆形分支图？

Question

我想在 R 中生成一个圆形分支图。我正在尝试使用 ape 包并且可以生成如下内容：

plot(tree,'f', use.edge.length=F)

现在我对这里的边缘看起来并不满意。我试用了evolview网络服务器，它让我得到了这样的东西，它看起来好多了，尤其是在边缘方面。

任何人都可以建议其他 R 包或使用 ape 包的不同方法，以获得与 evolview 树类似的结果吗？

标签： rplotphylogenyape

Answer 1

对我来说突出的两个主要区别是标签的大小和边缘的相对长度。

可以使用cex图形参数（使用par()，或作为 的参数plot()）控制标签大小。

$edge.length通过将属性替换为 s 的向量，可以将均匀边长添加到树中1：

par(cex = 0.8) # Shrink text
tree$edge.length <- rep_along(1, tree$edge.length)
plot(tree, 'f', use.edge.length = TRUE)