r - 气隙环境 - 安装 R 包源与二进制文件

Question

我们的办公室有一个 ubuntu linux 服务器，这是一个气隙环境。没有互联网访问外部网络。

但是我想安装几个 R 包，比如ggplot2, Database Connector, dplyr, Tidyverse等。我有超过 10-15 个包要下载

虽然我不能编写通常的命令install.packages("DatabaseConnector")，但我必须从 CRAN 下载压缩文件夹，如下所示。

我是 R 的新手。那么，你能帮我解决下面给出的问题吗？

a) 为什么 linux 系统没有文件？我只看到windows binaries和macOS binaries。我应该下载哪一个？

b）我应该下载binaries还是package source？哪一个容易安装？

zipped filec) 当我从 CRAN下载像上面这样的包时，会自动下载依赖项吗？还是我应该查看错误消息并继续一一下载？

d) 由于我在气隙环境中工作，因此有效地执行此过程的最佳方法是什么。

标签： rggplot2dplyrtidyverseinstall.packages

Answer 1

在 linux 下，软件包总是从源代码安装。没有用于 linux 的官方二进制包。但是，您的发行版可能会在官方存储库中提供其中一些。Ubuntu 可以。然而，这些往往是相当旧的版本，通常仅限于少数最重要的软件包。因此，对于 linux，您必须下载源包。zip 文件适用于 Windows，无法使用。

您还需要下载软件包的所有依赖项。对于像 tidyverse 这样的东西，这将是一个巨大的数字。手动跟踪这些工作量很大。最简单的可能是在气隙系统之外使用像 miniCRAN 这样的包来构建 CRAN 的选择性副本。您可以指定所需的包，该包将下载所有依赖项。然后，您可以将下载的目录复制到您的服务器，指向install.packages正确的方向并像往常一样使用install.packages. 有关详细信息，请参阅https://andrie.github.io/miniCRAN/articles/miniCRAN-introduction.html。

您可能还会遇到系统没有构建所有软件包所需的所有依赖项的问题。在 ubuntu 下，您需要例如安装libxml2-dev才能安装xml软件包。为此，您需要使用 ubuntu 的包管理器。如何在气隙系统上做到这一点是另一个问题