java - 使用 Java 在内存中处理 BLAST 调用的输出

Question

我正在尝试使用 Java 从内存中获取执行 BLAST（基本本地对齐搜索工具）查询的结果。我目前正在从 Java 程序中调用 BLAST 查询，一旦 BLAST 生成输出文件（作为文本），我正在通过将文本文件的内容复制到数组中来处理它。我不想在此处将输出作为文件获取，而是将其捕获在内存中（就在将其写入文件之前）并立即将其存储在数组中以供进一步处理。默认的 BLAST 查询可能如下所示：blastn –db nt –query nt.fsa –out results.txt其中 results.txt 是 blast 查询的输出被定向到的输出文件，nt 是被查询的数据库，nt .fsa 是要查询的输入。任何帮助将非常感激。

标签： javaarraysoutputin-memoryblast