r - R Vegan 包：从 permanova (adonis) 中排除 NA 值

Question

我正在尝试使用 vegan 包中的 adonis 函数生成 PERMANOVAS。我正在测试许多不同的因素，看看哪些是重要的。对于我的元数据中的某些因素，一些样本是 NA。显然，当我尝试为这些因素生成 permanova 时，我得到了一个错误。我不想从数据集中删除具有 NA 值的行，因为它们仅在某些列中，并且我想包含这些样本以分析其他因素。我也不想用另一个值（即 0）填充 NA 列，因为这可能会影响结果。我正在寻找一种在生成每个 permanova 时排除 NA 值的方法。

我都试过了

propData<-as.data.frame(t(otu_table(otu)))
propData_bray<-vegdist(propData, "bray")

adonis(formula = propData_bray ~ pH, data=new_meta, na.action=na.exclude)

和

adonis(formula = propData_bray ~ pH, data=new_meta, na.action=na.omit)

otu 表没有 NA 值。以下是元数据的示例：

样本	因子A	因子B	C因子	因子D
1	是的	3	不适用	0.5
2	是的	4	不	1
3	不	不适用	是的	0.05
4	是的	3	是的	0.7
5	不适用	0	不适用	1.5

对于因子A，我将包括样本 1-4、因子B 1-2 和 4-5 等。

标签： rvegan