python - Snakemake数据库更新规则

Question

我想知道如何设计数据库更新（amrfinder db）并使用snakemake进行查询。

规则 update_amrfinder，更新数据库并创建一个名为 update_finished.txt 的检查点文件

rule amrfinder_query 在执行更新后启动数据库查询。

没有检查点文件 update_finished 有没有办法工作？

rule update_amrfinder:
    output:
        db="update_finished.txt",
    conda:
        "../envs/amrfinder.yaml"
    shell:
        " amrfinder -u   1> {output.db}"

rule amrfinder_query:
    input:
        fasta="{sample}.fasta",
        db="update_finished.txt",
    output:
        "{sample}_amrfinder.tsv",
    conda:
        "../envs/amrfinder.yaml"
    shell:
        " amrfinder -n {input.fasta} 1> {output}"

标签： pythonsnakemake