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r - 从稀疏矩阵转换为密集矩阵而不丢失暗名？

问题描述

将稀疏Matrix对象（来自Matrix包）转换为普通的旧 base-R 密集matrix对象似乎会丢失行/列名称。

m <- matrix(0, 3,3, dimnames = list(LETTERS[1:3], LETTERS[1:3]))
dimnames(m)
## [[1]]
## [1] "A" "B" "C"
## 
## [[2]]
## [1] "A" "B" "C"

转换为aMatrix很好：

dimnames(M <- Matrix::Matrix(m))
## [[1]]
## [1] "A" "B" "C"
## [[2]]
## [1] "A" "B" "C"

但是转换回来似乎会丢失行/列名称：

dimnames(as.matrix(M))
## NULL
dimnames(as(M, "matrix"))
## NULL

我知道我可以通过存储暗名然后将它们附加到新对象来解决它（见下文），但我觉得我不应该这样做......我是否错过了一种透明/更好的制作方法转换，或者在进行此转换时不应保留暗名的逻辑原因？

## workaround/hack
dn <- dimnames(m)
m2 <- as.matrix(M)
dimnames(m2) <- dn

澄清一下，我想处理M已经定义但m尚未定义的情况（即在保持其属性不变的情况m[] <-下替换内容的旧技巧m似乎不起作用......）

标签： rmatrixsparse-matrix

解决方案

[更新 1：错误报告] [更新 2：补丁]

这里的丢失[dD]imnames似乎是 中的一个错误Matrix，至少在所讨论的特定子类的实现"Matrix"中，即"ddiMatrix"（参见?`ddiMatrix-class`）。

library("Matrix")
M <- Matrix(0, 3L, 3L, dimnames = list(LETTERS[1:3], LETTERS[1:3]))
M

3 x 3 diagonal matrix of class "ddiMatrix"
  A B C
A 0 . .
B . 0 .
C . . 0

有一种强制 from "ddiMatrix"to的方法"matrix"，当你这样做时会调用它，但正如你观察到的那样as(M, "matrix")，它不会保留。[dD]imnames

selectMethod("coerce", signature(from = "ddiMatrix", to = "matrix"))

Method Definition:

function (from, to = "matrix", strict = TRUE) 
base::diag(if (from@diag == "U") as1(from@x) else from@x, nrow = from@Dim[1])
<bytecode: 0x11e7dc068>
<environment: namespace:Matrix>

Signatures:
        from        to      
target  "ddiMatrix" "matrix"
defined "ddiMatrix" "matrix"

"ddiMatrix"您可以使用从to的中间强制来解决该错误"dgCMatrix"，这是一种更通用且更仔细实现的稀疏数字矩阵类（请参阅 参考资料?`dgCMatrix-class`）。"ddiMatrix"从to "dgCMatrix"to "matrix" do preserve的强制[dD]imnames：

MM <- as(M, "dgCMatrix")
MM

3 x 3 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
  A B C
A . . .
B . . .
C . . .

m <- as(MM, "matrix")
m

  A B C
A 0 0 0
B 0 0 0
C 0 0 0

或者干脆m <- as(as(M, "dgCMatrix"), "matrix")。

需要明确的是，您的方法既更快又更透明。我提出这个主要是为了揭露这个错误影响"ddiMatrix"但不是所有类的稀疏数字矩阵在Matrix. 如果您的用例实际上不需要"ddiMatrix"，那么您不必担心保护[dD]imnames自己。

FWIW，在与Matrix胁迫作斗争时，我发现它有助于：

  1. 用来showClass("Matrix")提醒自己子类的继承结构"Matrix"。
  2. 查阅?`<classname>-class`(1) 中报告的类及其插槽的可读描述。
  3. 用于selectMethod("coerce", signature(from=, to=))查找实际调用的方法as（不过，由于强制通常在 C 中实现，selectMethod因此除了告诉我要搜索的内容之外，结果可能没有帮助Matrix/src）。

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