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bash - 为什么这个 bash 循环只输出最后 3 行？

问题描述

我正在尝试编写一个 bash 脚本，该脚本接受一个文本文件，其中每一行都是一个数字，并遍历每一行，在所有目录中的所有文件中搜索包含该数字的文件名。输出应该是绝对路径，以便我知道从哪里获取文件。例如，我的文本文件的第一行是“286”。我想找到文件名中包含“286”的每个文件，并让计算机告诉我包含它的目录。

到目前为止，我有：

for num in $(cat StockTest.txt); do find ./ -name "*$num*.fastq.gz" -print; echo $num; done

输出如下所示：

286
297
300
303
315
531
540
607
613
616
619
637
655
664
681
687
690
./ERS/OldSwabMATCHES/GP_692_A_S298_L001_R1_001.fastq.gz
./ERS/OldSwabMATCHES/GP_692_A_S298_L001_R2_001.fastq.gz
692
./BASHPROJECT/UvS_Combined_030714/UvS-696-A_S10_L001_R1_001.fastq.gz
./BASHPROJECT/UvS_Combined_030714/UvS-696-A_S10_L001_R2_001.fastq.gz
696
./BASHPROJECT/UvS_Combined_032114/UvS-718-B_S42_L001_R1_001.fastq.gz
./BASHPROJECT/UvS_Combined_032114/UvS-718-B_S42_L001_R2_001.fastq.gz
718

如您所见，每个数字的回显都有效，但它只找到最后三个文件的位置。但是，如果我在循环之外运行确切的查找命令，但这些数字中的每一个都是独立的，它会返回位置。

IE。find ./ -name "*286*.fastq.gz" -print 返回

./ERS/OldSwabMATCHES/GP_286_A_S444_L001_R1_001.fastq.gz
./ERS/OldSwabMATCHES/GP_286_A_S444_L001_R2_001.fastq.gz

为什么它只在文件的最后三行而不是所有行上执行 find 命令？

我也尝试过使用 while 循环：

while IFS= read -r line; do echo "$line"; find -name "*-$line-*.fastq.gz" -print; done < "StockTest.txt"

我得到完全相同的输出。谢谢！！！

标签： bashfor-loopwhile-loopcatfastq

解决方案

有时find是最好的答案。
有时也许不是。

尝试使用经过调整的 globbing。

shopt -s globstar
printf "%s\n" ./**/*.fastq.gz | grep -f StockTest.txt

您也可以在文件中添加模式优化。
如前所述，确保没有回车。

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