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r - 使用 R 从 API 中检索图片

问题描述

我从未使用过 API，所以这是我的第一次尝试，我什至不知道我正在尝试做的事情是否可行。

我正在尝试从 SwissBioPics API ( https://www.npmjs.com/package/%40swissprot/swissbiopics%2Dvisualizer ) 获取细胞图片并将它们放在我的 R 会话中。

res <-  httr::GET('https://www.swissbiopics.org/static/swissbiopics.js',
                     query = list(taxisid = '9606', sls= 'SL0073',gos = '0005641'))
result <- httr::content(res$content)

但我收到此错误：

Error in httr::content(res$content) : is.response(x) is not TRUE

有什么线索吗？

标签： rjsonapihttr

解决方案

在经历了许多不幸之后，我如约得到了你的答案！

由于它涉及交互式图像，由 JavaScript 和 HTML 提供，因此该解决方案必须.Rmd在 RStudio 中作为文件运行。交互式图像也可以在同名.html文件中访问，knitr当您单击KnitRStudio 中的按钮时输出。

第 1 步：项目设置

my_pics在 RStudio 中的新目录下创建一个新的 R 项目。在这个项目中，创建一个新的 R Notebook（这里），它应该就在上述目录的my_book.Rmd旁边。my_pics.Rproj

第 2 步：支持文件

在同一目录下，创建一个./snippets子目录。后者应包含以下两个文件，从文档.txt中复制（并更正）：swissbiopics-visualizer

  • templates.txt：文档中给出的第一个代码块。在这里转载了必要的EOF和语法更正的评论：
<template id="sibSwissBioPicsStyle">
    <style>
        ul > li > a {
            font-style:oblique;
        }
        ul.notpresent li > .subcell_description {
            display:none;
        }
    </style>
</template>
<template id="sibSwissBioPicsSlLiItem">
    <li class="subcellular_location">
         <a class="subcell_name"></a> <!-- the class name is required and textContent will be set on it -->
         <span class="subcell_description"></span> <!-- the class name is required and textContent will be set on it -->
    </li>
</template>
  • custom_element.txt：文档中给出的第三个代码块。必要时在此处转载EOF：
<script type="module" src="https://www.swissbiopics.org/static/swissbiopics.js"></script>
<script defer>
    if (! window.customElements.get("sib-swissbiopics-sl"))
        window.customElements.define("sib-swissbiopics-sl", SwissBioPicsSL);
</script>

请注意，这些.txt文件可以很容易地保存为.html文件。对于下面代码中的函数，仅需要在templates和custom_element参数的默认值中重构文件扩展名。make_html()my_book.Rmd

第 3 步：在 RStudio 中进行交互

现在我们准备好了！在my_book.Rmd中，写下以下内容：

---
title: "R Notebook"
output: html_document
---


```{r}
library(htmltools)
library(readr)
library(rlang)
```



# Functions #

Here are the functions that do the trick.  The snippets used by `make_html()` are copied from the [documentation](https://www.npmjs.com/package/%40swissprot/swissbiopics-visualizer#usage) for `swissbiopics-visualizer`, and (after fixing the HTML comments) pasted into `.txt` files (`templates.txt` and `custom_element.txt`) under the `./snippets` subdirectory, which lies within the directory containing this `.Rproj`.

```{r}
# Create comma-separated list from vectorized (or listed) items, safely escaped.
csl <- function(items) {
  return(paste("\"", paste(htmltools::htmlEscape(unlist(items)), collapse = ",", sep = ""), "\"", sep = ""))
}



# Create the HTML for the interactive imagery given by the parameters. Assembly
# process is as described the documentation for 'swissbiopics-visualizer':
#   https://www.npmjs.com/package/%40swissprot/swissbiopics-visualizer#usage
make_html <- function(# The NCBI taxonomy ID.
                      tax_id,
                      
                      # The IDs of the cellular elements to highlight.
                      sl_ids,
                      
                      # The filepath to (or raw HTML text of) the templates
                      # snippet.
                      templates = "./snippets/templates.txt",
                      
                      # The filepath to (or raw HTML text of) the custom element
                      # snippet.
                      custom_element = "./snippets/custom_element.txt",
                      
                      # Further arguments to 'readr::read_file()', which might
                      # be useful to process snippet encodings across platforms.
                      ...) {
  # Escape any strings supplied.
  tax_id <- csl(tax_id[1])
  sl_ids <- csl(sl_ids)
  
  
  # Compile all the HTML snippets into a list:
  elements <- list()
  
  
  # Include the templates (as read)...
  elements$templates <- readr::read_file(file = templates, ...)
  
  
  # ...then include the line (created here) to target the right picture...
  elements$identifier <- "<sib-swissbiopics-sl taxid=%s sls=%s></sib-swissbiopics-sl>"
  elements$identifier <- sprintf(fmt = elements$identifier, tax_id, sl_ids)
  
  
  # ...and finally include the definition (as read) for the custom element.
  elements$custom_element <- readr::read_file(file = custom_element, ...)
  
  
  # Append these snippets together, into the full HTML code.
  return(paste(unlist(elements), collapse = "\n"))
}



# Display the interactive imagery given by the parameters, visible in both
# RStudio (crowded) and the R Markdown file (well laid out).
visualize <- function(# The NCBI taxonomy ID.
                      taxid = "9606",
                      
                      # A list (or vector) of the UniProtKB subcellular location
                      # (SL) IDs for the cellular elements to highlight.
                      sls = list("SL0073"),
                      
                      # Further arguments to 'make_html()'.
                      ...
                      ) {
  # Embed the HTML text where this function is called.
  return(htmltools::HTML(make_html(tax_id = taxid, sl_ids = sls, ...)))
}
```



# Results #

Here we `visualize()` the **interactive** image, also accessible on [SwissBioPics](https://www.swissbiopics.org):

```{r}
visualize(sls = list("SL0073", "SL0138"))
```

笔记

观察我们如何（在这种情况下）“懒惰地”使用默认值（"9606"）taxid，而不必指定它。还要观察我们如何同时突出显示多个独立的组件，即收缩液泡( "SL0073") 和细胞皮层( "SL0138")。

现在在最后一个块下面visualize()被调用

```{r}
visualize(sls = list("SL0073", "SL0138"))
```

您将看到如下所示的交互式输出：

在此处输入图像描述

遗憾的是，它在 RStudio 中显得非常拥挤，可能需要一个 HTML 向导来更改支持.txt（或.html）文件，以在此 IDE 中实现正确格式化的 HTML。

第 4 步：嵌入报告

与任何.Rmd文件一样，RStudio 为您提供了Knit将 Markdown 结果转换为.html文件的选项，该文件可以轻松访问并格式化为报告！

在my_book.RmdRStudio 中打开，单击Knit按钮，my_book.html应该会出现在同一目录中。您可以在网络浏览器（我使用 Chrome）中打开此.html文件，以查看它的全部荣耀！

在此处输入图像描述

综上所述

使用这两个交互式图像中的任何一个，您都可以将鼠标悬停以突出显示图表的各个组件和层。此外，单击任何定义将通过超链接将您带到 UnitProt上的配置文件。

许多剩余的限制是由于swissbiopics-visualizerAPI 本身造成的。例如，通过此数据集从GO ID到SL ID的映射似乎存在故障。因此，您应该只向.visualize()

就是说，如果您可以处理该 HTML 并根据您的意愿调整其布局，那么天空就是极限！

享受！

奖金

这是嵌入在 Stack Overflow 中的相同交互式输出的演示！不幸的是，它在这种环境中不稳定且非常笨拙，所以我将其仅作为“脚注”：

<template id="sibSwissBioPicsStyle">
    <style>
        ul > li > a {
            font-style:oblique;
        }
        ul.notpresent li > .subcell_description {
            display:none;
        }
    </style>
</template>
<template id="sibSwissBioPicsSlLiItem">
    <li class="subcellular_location">
         <a class="subcell_name"></a> <!-- the class name is required and textContent will be set on it -->
         <span class="subcell_description"></span> <!-- the class name is required and textContent will be set on it -->
    </li>
</template>


<sib-swissbiopics-sl taxid="9606" sls="SL0073,SL0138" ></sib-swissbiopics-sl>


<script type="module" src="https://www.swissbiopics.org/static/swissbiopics.js"></script>
<script defer>
    if (! window.customElements.get("sib-swissbiopics-sl"))
        window.customElements.define("sib-swissbiopics-sl", SwissBioPicsSL);
</script>

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