github - 我是否正确使用了 sra-toolkit 中的 fasterq-dump？

Question

早上好！我fasterq-dump在远程机器上使用 SRA 工具包的程序（为了简洁起见，我将调用RemMach）直接从 SRA 下载 fastq 文件。我运行了这个命令：

fasterq-dump SRR1007512 --ngc permission.ngc --outdir myDir --temp tmp --threads 18.

除了非常低（我昨天启动它，现在它还在运行）之外，它还生成了三个目录，名为RemMach .710736、RemMach .713307和RemMach .715928。前三个是空的，而最后一个有几个文件。当我运行ls -lh这样的目录时，它给了我这个输出：

-rw-rw-r--. 1 dalteriog dalteriog 2.1G Jul  1 09:11 SRR1007512.RemMach.715928.0.1
-rw-rw-r--. 1 dalteriog dalteriog 2.1G Jul  1 09:11 SRR1007512.RemMach.715928.0.2
-rw-rw-r--. 1 dalteriog dalteriog 2.3G Jul  1 09:11 SRR1007512.RemMach.715928.1.1
-rw-rw-r--. 1 dalteriog dalteriog 2.3G Jul  1 09:11 SRR1007512.RemMach.715928.1.2
-rw-rw-r--. 1 dalteriog dalteriog 2.3G Jul  1 09:11 SRR1007512.RemMach.715928.10.1
-rw-rw-r--. 1 dalteriog dalteriog 2.3G Jul  1 09:11 SRR1007512.RemMach.715928.10.2
-rw-rw-r--. 1 dalteriog dalteriog 2.4G Jul  1 09:11 SRR1007512.RemMach.715928.11.1
-rw-rw-r--. 1 dalteriog dalteriog 2.4G Jul  1 09:11 SRR1007512.RemMach.715928.11.2
-rw-rw-r--. 1 dalteriog dalteriog 2.3G Jul  1 09:11 SRR1007512.RemMach.715928.12.1
-rw-rw-r--. 1 dalteriog dalteriog 2.3G Jul  1 09:11 SRR1007512.RemMach.715928.12.2
-rw-rw-r--. 1 dalteriog dalteriog 1.7G Jul  1 09:11 SRR1007512.RemMach.715928.13.1
-rw-rw-r--. 1 dalteriog dalteriog 1.7G Jul  1 09:11 SRR1007512.RemMach.715928.13.2
-rw-rw-r--. 1 dalteriog dalteriog 1.8G Jul  1 09:11 SRR1007512.RemMach.715928.14.1
-rw-rw-r--. 1 dalteriog dalteriog 1.8G Jul  1 09:11 SRR1007512.RemMach.715928.14.2
-rw-rw-r--. 1 dalteriog dalteriog 1.8G Jul  1 09:11 SRR1007512.RemMach.715928.15.1
-rw-rw-r--. 1 dalteriog dalteriog 1.8G Jul  1 09:11 SRR1007512.RemMach.715928.15.2
-rw-rw-r--. 1 dalteriog dalteriog 1.8G Jul  1 09:11 SRR1007512.RemMach.715928.16.1
-rw-rw-r--. 1 dalteriog dalteriog 1.8G Jul  1 09:11 SRR1007512.RemMach.715928.16.2
-rw-rw-r--. 1 dalteriog dalteriog 1.8G Jul  1 09:10 SRR1007512.RemMach.715928.17.1
-rw-rw-r--. 1 dalteriog dalteriog 1.8G Jul  1 09:10 SRR1007512.RemMach.715928.17.2
-rw-rw-r--. 1 dalteriog dalteriog 2.4G Jul  1 09:11 SRR1007512.RemMach.715928.2.1
-rw-rw-r--. 1 dalteriog dalteriog 2.4G Jul  1 09:11 SRR1007512.RemMach.715928.2.2
-rw-rw-r--. 1 dalteriog dalteriog 2.3G Jul  1 09:11 SRR1007512.RemMach.715928.3.1
-rw-rw-r--. 1 dalteriog dalteriog 2.3G Jul  1 09:11 SRR1007512.RemMach.715928.3.2
-rw-rw-r--. 1 dalteriog dalteriog 2.2G Jul  1 09:11 SRR1007512.RemMach.715928.4.1
-rw-rw-r--. 1 dalteriog dalteriog 2.2G Jul  1 09:11 SRR1007512.RemMach.715928.4.2
-rw-rw-r--. 1 dalteriog dalteriog 2.3G Jul  1 09:11 SRR1007512.RemMach.715928.5.1
-rw-rw-r--. 1 dalteriog dalteriog 2.3G Jul  1 09:11 SRR1007512.RemMach.715928.5.2
-rw-rw-r--. 1 dalteriog dalteriog 2.4G Jul  1 09:11 SRR1007512.RemMach.715928.6.1
-rw-rw-r--. 1 dalteriog dalteriog 2.4G Jul  1 09:11 SRR1007512.RemMach.715928.6.2
-rw-rw-r--. 1 dalteriog dalteriog 2.4G Jul  1 09:11 SRR1007512.RemMach.715928.7.1
-rw-rw-r--. 1 dalteriog dalteriog 2.4G Jul  1 09:11 SRR1007512.RemMach.715928.7.2
-rw-rw-r--. 1 dalteriog dalteriog 2.3G Jul  1 09:11 SRR1007512.RemMach.715928.8.1
-rw-rw-r--. 1 dalteriog dalteriog 2.3G Jul  1 09:11 SRR1007512.RemMach.715928.8.2
-rw-rw-r--. 1 dalteriog dalteriog 2.3G Jul  1 09:11 SRR1007512.RemMach.715928.9.1
-rw-rw-r--. 1 dalteriog dalteriog 2.3G Jul  1 09:11 SRR1007512.RemMach.715928.9.2
-rw-rw-r--. 1 dalteriog dalteriog 110G Jul  1 01:36 RemMach.715928.lookup
-rw-rw-r--. 1 dalteriog dalteriog 3.9M Jul  1 01:36 RemMach.715928.lookup.idx

我想知道这是正常的还是我写的代码有问题，有人可以帮助我吗？

标签： githubncbi