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command-line-interface - 如何从文件列表中查找和存储标题行

问题描述

我正在尝试遍历文件列表并将每个文件名与该文件的第一个标题行一起存储在文本文档中。我正在尝试使用 for 循环以类似于我已经能够成功地为其他命令执行此操作的方式来执行此操作。但是，我收到以下错误：-bash: =: command not found

任何人都可以帮助解决这个问题吗？

   for infile in *_L001.fastq;
    do
    info = gunzip -c ${infile} | head -1
    echo "${infile},$info"
    done

标签： command-line-interface

解决方案

我能够解决这个问题。

我不得不使用两个单独的命令输出相关信息，因为在循环中定义一个变量是有问题的。但是使用 -n 标记在 echo 命令之后删除默认换行符，并使用 >> 将每个命令的输出附加到文本文件中。这导致在 headers.txt 中每个文件名只有一行，后跟其标题。

for infile in _L001.fastq; 
    do echo -n $infile" " >> headers.txt
    gunzip -c $infile | head -1 >> headers.txt 
    done

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