python - 在for循环中使用rdkit生成png文件,但每次生成的都是同一个png文件
问题描述
我有一个看起来像这样的数据框
np_id SMILES standard_inchi_key
0 NPC4665 OC(=O)Cc1ccc(c(c1)O)O CFFZDZCDUFSOFZ-UHFFFAOYSA-N
2 NPC4668 OC(=O)C1=CCCNC1 QTDZOWFRBNTPQR-UHFFFAOYSA-N
32 NPC4962 CCCCCCCCC(=O)C ZAJNGDIORYACQU-UHFFFAOYSA-N
36 NPC4986 CC1=CC[C@]23[C@H]1[C@H]1OC(=O)C(=C)[C@@H]1CC[C... UVJYAKBJSGRTHA-CUZKYEQNSA-N
38 NPC5292 CC(=O)OC[C@]12CC[C@H]3[C@H]([C@]1(O)CC[C@@]2(O... RGHQRULWHKEQHE-GRVQADPTSA-N
我正在尝试生成分子的 2D 表示,使用 rdkit 来处理 SMILES。我编写了以下代码:
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw
from rdkit.Chem import AllChem
import pandas as pd
image_path = '/DTA_training/short/'
list_of_paths = []
for inchi_key in df['standard_inchi_key']:
image_name = str(inchi_key)
full_path = image_path+image_name
list_of_paths.append(full_path)
df['paths'] = list_of_paths
image_size = 500
for full_path in df['paths']:
for smile in df["SMILES"]:
mol = Chem.MolFromSmiles(str(smile))
if mol is None:
print(("Unable to read original SMILES"+full_path))
else:
_discard = AllChem.Compute2DCoords(mol)
Draw.MolToFile(mol, full_path, size=(image_size,image_size), fitImage=False, imageType='png')
每次生成相同的 png。我无法锻炼我的 for 循环有什么问题。任何人都可以建议吗?
解决方案
在for full_path in df['paths']:
您的每个循环中,一个接一个地创建数据帧中所有 SMILES 的图像,并覆盖前一个,以便只保留最后一个。
尝试这个:
df.reset_index(drop=True, inplace=True) # thanks to mnis
for n in range(len(df["paths"])):
full_path = df["paths"][n]
mol = Chem.MolFromSmiles(df["SMILES"][n])
if mol is None:
print(("Unable to read original SMILES"+full_path))
else:
_discard = AllChem.Compute2DCoords(mol)
Draw.MolToFile(mol, full_path, size=(image_size,image_size), fitImage=False, imageType='png')
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