conda - Snakemake conda env 路径和 Homer annotatePeaks.pl

Question

我想从我自己定义的 yaml 环境中使用 HOMER annotatePeaks.pl ( http://homer.ucsd.edu/homer/ngs/annotation.html )。我需要得到这个 Perl 脚本：

perl /home/rj/miniconda3/envs/metylace/share/homer/.//configureHomer.pl -install hg19

我的 miniconda3 路径将是 conda env 路径。是否可以？有没有办法匹配当前规则和 conda env 哈希？

长话短说：有一个包装，但我对其他方式很好奇。包装器使用选项来指定 fasta 文件，但 HOMER 具有下载引用本身的能力。但是，在此之前我调用了一个 perl 脚本并下载了它。但是这个 Perl 脚本位于 conda env 路径中的某个位置，并且 conda 不使用名称，而是使用哈希值。怎么做？

标签： condasnakemake

Answer 1

由于 Snakemake 会激活环境，因此应该可以使用CONDA_PREFIX环境变量来定位目录。另一个问题是该share/homer/目录似乎是特定于版本的。例如，我看到share/homer-4.11-0. 只要只有一个 - 我认为这是一个公平的假设 - 你应该能够逃脱：

perl $CONDA_PREFIX/share/homer*/configureHomer.pl -install hg19