cromwell - 如何告诉 cromwell 和 womtool 使用哪个 WDL 版本？

Question

我发现很多关于克伦威尔如何支持 WDL 开发版本的参考资料。我发现人们谈论使用 WDL 的开发版本运行克伦威尔。

我在任何地方都找不到有关如何执行此操作的说明。

例如：

$ $CROMWELL_HOME/womtool --type wdl --type-version development validate My.wdl 
Error: Unknown option --type
Error: Unknown option --type-version
Error: Unknown argument 'development'

而如果我只是调用 womtool，在尝试使用 WDL 开发中的 Directory 关键字时会出现错误：

$ $CROMWELL_HOME/womtool --type wdl --type-version development validate My.wdl 
ERROR: Unexpected symbol (line 9, col 5) when parsing '_gen10'.

Expected rbrace, got Directory.

    Directory   OutputDir
    ^

$workflow = :workflow :identifier :lbrace $_gen10 :rbrace -> Workflow( name=$1, body=$3 )

更新：

您必须将每个文件都放在同一版本上。如果你不这样做，你会得到错误

ERROR: Finished parsing without consuming all tokens.

version development

注意：使用克伦威尔 65

标签： cromwellwdl

Answer 1

根据WDL 规范，WDL 版本必须在 WDL 文件本身中通过放在文件version <insert_version_here>的第一行来指示。如果此行不存在，则执行引擎应将版本视为draft-2。

例如。

version 1.0

workflow example {
...

为了在克伦威尔使用开发版，development应该使用作为版本。这在“语言支持”->“未来语言支持”下的克伦威尔文档中提到：

version development

workflow example {
...