gtsummary - 如何在 tbl_summary 中添加两个差异统计信息?
问题描述
我是 r 的初学者,并尝试使用这个很棒的gtsummary
包创建一些表。我的问题是,是否可以使用 add_difference 同时添加两个单独的差异统计信息(或以某种方式组合这些统计信息)?我能够创建一个具有p 值或效果大小的完美表格,但不能同时具有这两者。另外,是否可以使用 bonferroni 调整后的 p 值?我的简单代码(带有 t.test)如下所示:
table1 <- tbl_summary(df, by = gr, statistic = list(all_continuous() ~ "{mean} ({sd})")) %>% add_difference(test = list(all_continuous() ~ "t.test"), group = gr, conf.level = 0.95, pvalue_fun = function(x) style_pvalue(x, digits = 2)))
感谢帮助。
解决方案
是的,您在 gtsummary 中可以找到您想要的表格。使用该tbl_merge()
函数合并具有标准化差异和 p 值的表。下面有一个例子。对此的替代方法是用于add_stat()
构造自定义列。
library(gtsummary)
#> #BlackLivesMatter
packageVersion("gtsummary")
#> [1] '1.4.1'
# standardized difference
tbl1 <-
trial %>%
select(trt, age, marker) %>%
tbl_summary(by = trt, missing = "no",
statistic = all_continuous() ~ "{mean} ({sd})") %>%
add_difference(all_continuous() ~ "cohens_d")
# table with p-value and corrected p-values
tbl2 <-
trial %>%
select(trt, age, marker) %>%
tbl_summary(by = trt, missing = "no") %>%
add_p(all_continuous() ~ "t.test") %>%
add_q(method = "bonferroni") %>%
# hide the trt summaries, because we don't need them repeated
modify_column_hide(all_stat_cols())
#> add_q: Adjusting p-values with
#> `stats::p.adjust(x$table_body$p.value, method = "bonferroni")`
# merge tbls together
tbl_final <-
tbl_merge(list(tbl1, tbl2)) %>%
# remove spanning headers
modify_spanning_header(everything() ~ NA)
由reprex 包于 2021-07-20 创建 (v2.0.0 )
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