r - 了解 Plotly 中的 3D 轨迹

Question

我正在使用 R 编程语言。我在 R 中制作了以下 3D 图：

# set seed for reproducibility 
#load libraries
    set.seed(123)
    library(dplyr)
    library(plotly)
    
#create data
    n <- 3
    my_grid <- expand.grid(i1 = 1:n, i2 = 1:n)
    my_grid$final_value = with(my_grid, sin(i1) + cos(i2) )
    
 
#make plot
       plot_ly() %>% 
        add_trace(data = my_grid,  x=my_grid$i1, y=my_grid$i2, z=my_grid$final_value, type='mesh3d') %>%
        add_surface(
            z = my_grid %>% as.matrix(),
            surfacecolor = my_grid,
            cauto=F,
            cmax=max(my_grid$final_value),
            cmin=min(my_grid$final_value)
        )

这将产生以下图：

正如预期的那样，该图似乎非常合乎逻辑：它显示了一个 3D 表面，其中 x = i1、y = i2、z = final_value，并且图的颜色根据“final_value”。

问题：如果我尝试向网格中添加更多数据，然后创建绘图：

#create more data
n <- 50
my_grid <- expand.grid(i1 = 1:n, i2 = 1:n)
my_grid$final_value = with(my_grid, sin(i1) + cos(i2) )


#make plot
plot_ly() %>% 
    add_trace(data = my_grid,  x=my_grid$i1, y=my_grid$i2, z=my_grid$final_value, type='mesh3d') %>%
    add_surface(
        z = my_grid %>% as.matrix(),
        surfacecolor = my_grid,
        cauto=F,
        cmax=max(my_grid$final_value),
        cmin=min(my_grid$final_value)
    )

此图不仅看起来“奇怪”，而且悬停文本中的“y 坐标”（1697）正在显示原始数据中不存在的值：

#display histogram of values

par(mfrow=c(1,3))

 hist(my_grid$i1)
 hist(my_grid$i2)
 hist(my_grid$final_value)

问题：在上面的直方图中，“1697”的值没有出现在任何变量中。那么，这么大的值怎么可能显示在 plotly 图中呢？

谢谢

标签： rplotplotlydata-visualizationr-plotly

Answer 1

首先，您混合了两种不同的跟踪类型：

一方面是mesh3d，另一方面是表面轨迹。两者都可以处理 x、y、z 坐标。

但是，您将矩阵作为表面轨迹的 z 参数传递（并且没有 x 和 y 值）。因此，plotly 将矩阵的值考虑到 z 轴和矩阵的维度 (2500 x 3) 用于 y 和 x。

请同时运行schema()并导航至：

对象 ► 轨迹 ► 表面 ► 属性

和

对象 ► 轨迹 ► mesh3d ► 属性

查看差异。

关于你的数据集，我猜你想要这样的东西：

# set seed for reproducibility 
#load libraries
set.seed(123)
library(dplyr)
library(plotly)

#create more data
n <- 50
my_grid <- expand.grid(i1 = 1:n, i2 = 1:n)
my_grid$final_value = with(my_grid, sin(i1) + cos(i2) )

#make plot
plot_ly(data = my_grid,  x=~i1, y=~i2, z=~final_value, type='mesh3d', intensity = ~final_value, colors = colorRamp(c("blue", "grey", "red")))