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r - 导入数据并添加特定于不同文件源的 ID

问题描述

我有一个包含与患者patient_id匹配的数据框。names

每个病人都有他/她自己的数据文件FirstNameLastName.csv。为了匿名数据，我编写了函数，该函数read_in将读取每个数据FirstNameLastName.csv并将指定的数据添加patient_id到其中。

为了进一步分析，我现在希望将所有匿名数据放在一个数据框对象中。我使用 purrr 包中的 map_df() 函数尝试了此操作，但是在将 ID 与每个读入.csv文件匹配时遇到问题。有人可以帮助解决这个问题，这样结果就是一个数据框，其中包含所有具有受尊重 ID 的数据。

> patient_names
  patient_id        patient_name  
1      1            Tina Turner
2      2            Michael Jackson 
3      3            Michael Jordan  
4      4            Dom Toretto
5      5            Lebron James

read_csv("LebronJames.csv")

Year         Injury                  
<chr>        <chr>                
2020       Sprained Ankle             
1990       Torn ACL       
1995       Bruised Knee       
2011       Sore Neck  
2014       Headache 
2019       Broken Leg 

read_in <- function(path, patient_id= 1){
  data <- read_delim(path, delim= ";",col_names = TRUE)
  data <- add_column(data, patient_id= patient_names[["patient_id"]][id], .before = 1)
}

  patient_id       Year         Injury                  
       <int>       <chr>        <chr>                
 1      5          2020       Sprained Ankle             
 2      5          1990       Torn ACL       
 3      5          1995       Bruised Knee       
 4      5          2011       Sore Neck  
 5      5          2014       Headache 
 6      5          2019       Broken Leg 

list.files(path= "/directory", pattern = ".csv", full.names = TRUE) %>%
  map_df(read_in)

# A tibble: 1234 x 3
    patient_id   Year    Injury
    <int>        <chr>   <chr>        
 1      1        2012    Ankle   
 2      1        2014    Broken Arm 
 3      1        1999    Concussion 
 4      1        1987    Broken Finger
...    ...       ...     ...

标签： rstringtidyversepurrrdata-import

解决方案

试试这种方法 -

library(purrr)
library(readr)

filenames <- paste0(gsub('\\s', '', patient_names$patient_name), '.csv')
data <- map_df(filenames, read_csv, .id = 'patient_id')

filenames应该创建一个要读取的文件名向量，并且data应该将这些 csv 文件中的所有数据组合在一起，并为每个名为'patient_id'.

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