r - R ggtree 根据分支长度注释节点
问题描述
我有一个由 Newick 文件制作的系统发育树。
library(tidyverse)
library(ggtree)
tree <- read.tree("newick_test.nwk")
p1 <- ggtree(tree) + geom_tree() + theme_tree2() + coord_cartesian(xlim = c(0,40), ylim = c(0,19))
Newick 文件是
(((15L55MS_1001A7:32411,(15LSRMS_5001H4:94544,15R36Fb_5001F1:16481):15:0):9,(15L49Fb_2001E2:3430,15R126Fb_1001B4:10443):10:0):5,((15LNMS_2001H5:4859,15C9Fb_6001E2:18771):10:0,(15L36Fb_001A6:5646,(15R76Fb_6001A8:11866,15L21Fb_1001D4:11563):14:0):12:0):7):0;
输出树是这样的。
我想像这样注释节点。(根据枝长)
解决方案
您可以尝试使用geom_text2
添加分支长度信息。
library(ggtree)
tree <- read.tree(text = "(((15L55MS_1001A7:32411,(15LSRMS_5001H4:94544,15R36Fb_5001F1:16481):15:0):9,(15L49Fb_2001E2:3430,15R126Fb_1001B4:10443):10:0):5,((15LNMS_2001H5:4859,15C9Fb_6001E2:18771):10:0,(15L36Fb_001A6:5646,(15R76Fb_6001A8:11866,15L21Fb_1001D4:11563):14:0):12:0):7):0;")
ggtree(tree) +
geom_tree() +
theme_tree2() +
coord_cartesian(xlim = c(0, 40), ylim = c(0, 19)) +
geom_text2(aes(label = branch.length), hjust = -.3)
阴谋
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