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c++ - R安装包在错误的地方

问题描述

尝试安装 FFTW，感觉自己一直在兜圈子。我需要它用于 R 包（poisbinom），并且我认为它已正确安装（我在集群上并且没有 sudo 权限。我按照此处的说明进行操作：http: //micro.stanford.edu/wiki /安装_FFTW3 )

我遇到的问题是：

g++ -std=gnu++14 -shared -L/usr/local/lib64 -o poisbinom.so RcppExports.o init.o   poisbinom.o -lfftw3 -lm  
/usr/bin/ld: cannot find -lfftw3  
collect2: error: ld returned 1 exit status

我有一种感觉是因为我没有在 usr/local/lib64 下安装 FFTW，它在 $HOME/usr/ 下。我的 R 安装在 $HOME/R/lib64/R 下。我不确定要更改什么变量以使其看起来在正确的位置，因为我无法更改此 g++ 调用，因为它是 R install.packages 调用的一部分。我已经在这个圈子里转了两天了。让我知道是否还有其他我可以提供的帮助。

我已经运行了 install.packages("fftw") 并且成功并且使用 LFFTW3 没有问题，因为它看起来在正确的位置。我主要只需要知道是否可以将此 gcc 调用指向带有环境变量或其他内容的正确文件夹。

标签： c++rcluster-analysisfftw

解决方案

如果您pkg-config的系统上有并且您的安装生成了所需的配置文件（例如fftw3.pc）：定义环境变量PKG_CONFIG_PATH以（也）包含包含这些 FFTW3 配置文件的目录。

否则，您可以定义FFTW_CFLAGSand FFTW_LIBS：

fftw$ ./configure --help
[...]
  FFTW_CFLAGS C compiler flags for FFTW, overriding pkg-config  
  FFTW_LIBS   linker flags for FFTW, overriding pkg-config
[...]

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