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r - 使用glue_sql() 并避免粘贴在动态SELECT 语句中的方法？

问题描述

我正在学习如何从 R 中查询 SQLite dbs，并使用glue_sql(). 下面是我的工作流程中子查询的简化示例。有没有一种方法可以创建s10_wtX而不s20_wtX使用paste0()，如下面的代码所示？

library(DBI)
library(dplyr)
library(glue)

# example database
set.seed(1)
ps <- data.frame(plot = rep(1:3, each = 4),
                 spp = rep(1:3*10, 2),
                 wtX = rnorm(12, 10, 2) %>% round(1))
con <- dbConnect(RSQLite::SQLite(), "")
dbWriteTable(con, "ps", ps)

# species of interest
our_spp <- c(10, 20)

# for the spp of interest, sum wtX on each plot
sq <- glue_sql(paste0(
  'SELECT ps.plot,\n',
  paste0('SUM(CASE WHEN ps.spp = ', our_spp,
         ' THEN (ps.wtX) END) AS s', our_spp,
         '_wtX',
         collapse = ',\n'), '\n',
  '  FROM ps
    WHERE ps.spp IN ({our_spp*}) -- spp in our sample
    GROUP BY ps.plot'),
  .con = con)

# the result of the query should look like:
dbGetQuery(con, sq)
  plot s10_wtX s20_wtX
1    1    21.9    10.4
2    2    11.0    22.2
3    3     9.4    13.0

在我的实际工作流程中，我有两种以上的兴趣，所以我宁愿不完整地写出每一行（例如，SUM(CASE WHEN ps.spp = 10 THEN (ps.wtX) END) AS s10_wtX）。

标签： rsqliter-glue

解决方案

为了稍微正式化一点（即使它不是您最终使用的），这里是我的评论，详细：

out <- DBI::dbGetQuery(con, "
  select ps.plot, ps.spp, sum(ps.wtX) as wtX
  from ps
  where ps.spp in (10,20)
  group by ps.plot, ps.spp")
out
#   plot spp  wtX
# 1    1  10 21.9
# 2    1  20 10.4
# 3    2  10 11.0
# 4    2  20 22.2
# 5    3  10  9.4
# 6    3  20 13.0

这可以很容易地根据您的需要进行调整。tidyr::pivot_wider例如，使用，

tidyr::pivot_wider(out, plot, names_from="spp", values_from="wtX")
# # A tibble: 3 x 3
#    plot  `10`  `20`
#   <int> <dbl> <dbl>
# 1     1  21.9  10.4
# 2     2  11    22.2
# 3     3   9.4  13

（名称将需要清理。）

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