r - 是否可以将 R 数据帧插入到现有的 .dat 文件中，该文件专门格式化为 COLONY 软件的输入？

Question

感谢您考虑这个问题。

我正在尝试使用软件 COLONY 来衡量我根据基因型收集的蜜蜂之间兄弟姐妹关系的可能性。我有 90 个人口要运行，所以我想使用程序的批处理功能，它需要为每个人口提供一个输入文件（90 个 .dat 格式的输入文件）。输入文件看起来都是一样的，除了它们必须包括唯一的群体名称、群体中的样本数量（变化）和群体特定的基因型信息（在适当的情况下）。输入文件如下所示，之后的所有内容！是注释，输入必须特定于人口的三个地方标有**：

OcciSibGroups        !Dataset name

**OcciSibGroup[i]**  !Output file name

**nrows(OcciSibGroup[i])**  ! Number of offspring in the sample

6              ! Number of loci

1234            ! Seed for random number generator

0               ! 0/1=Not updating/updating allele frequency

1               ! 0/1=Diploid species/HaploDiploid species

1  1            ! 0/1=Polygamy/Monogamy for males & females

0               ! 0/1=Unknown/Known population allele frequency

1         ! Number of runs

3         ! Length of run

0         ! 0/1=Monitor method by Iterate#/Time in second

10000         ! Monitor interval in Iterate# / in seconds

0         ! Windows version


B124    BTERN01 BT28    BT10    BT30    B96 !Marker IDs of locus 1~6

0   0   0   0   0   0 !Marker type (0/1=Codominant/Dominant) of locus 1~6   

0.01    0.01    0.01    0.01    0.01    0.01    !Allelic dropout rate of locus 1~6  

0.05    0.05    0.05    0.05    0.01    0.05    !Other Error rate of locus 1~6 
 

  **Insert OcciSibGroup[i] here** !Offspring ID and genotypes of locus 1~6
  

0.5  0.5             !Prob. the father and mother of an offspring are included in candidates
0  0               !Numbers of candidate males and females 

0           !Number of offspring with known father
            
0           !Number of offspring with known mother

0           !Number of known paternal sibships          

0           !Number of known maternal sibships
            
0              !Number of offspring with known excluded fathers
            
0               !Number of offspring with known excluded mothers

我在 R 中创建了一个包含所有样本及其基因型的数据框，并使用 SPLIT 函数以输入文件的正确格式为每个群体的基因型信息创建单独的对象。

OcciSibGroup <- split(occi_sibship, [, 32])
str(OcciSibGroup)

每个总体看起来像这样，每个样本在一行，第一列是样本名称：

OcciSibGroup[1]



UC-Occi90  242 244 108 108 186 186 134 160 188 191 232 232

UC-Occi91  244 244 108 110 186 186 130 132 194 194 232 232

UC-Occi92    0   0 106 122   0   0 130 150 194 194 232 232

UC-Occi93  242 244 116 116 186 186 128 134 191 194 232 232

UC-Occi94    0   0 108 126   0   0 150 162   0   0   0   0

UC-Occi95  244 244 106 116 180 186 132 150 194 197 232 232   

我想 1）将基因型数据框插入到 .dat 文件中的正确位置，以及 2）创建一个循环，允许我同时创建所有输入文件，其中包括更改输出文件名和样本中的后代数量（基因型数据框中的行数）。输入文件中的其他所有内容都将保持不变。

标签： rloops