首页 > 解决方案 > 如何在python中将列表下载为fasta格式?

问题描述

我出于初学者的原因使用 google colab:/

pip install biopython

我打开了一个文件以稍后将其行用作搜索词

lines = []

with open('my_file.seq') as f:
  lines = [line.rstrip() for line in f] 

print(lines)

我正在使用搜索空间中的行

from Bio import SeqIO
from Bio import Entrez

handle = Entrez.efetch(db="nucleotide", id=lines, rettype="gb", retmode="text")
record_iterator = SeqIO.parse(handle, "gb")
for record in record_iterator:
  
  print(record.id, record.seq)
  

handle.close()

而这正是我想要的。但是我怎样才能将它下载为像下面这样的 fasta 格式?最好与示例中的它们之间的空间。我有很多序列要下载,不知道这些信息是否会改变任何东西提前谢谢!

MZ051983.1 TTTGGTGCCTGGGCAGGAATAATTGGTACTGCCCTCAGCCTACTAATTCGAGCAGAGTTAGCCCAGCCAGGGGCCCTCCTAGGCGATGACCAGATTTATAACGTCATTGTTACTGCCCATGCCTTCGTTATAATTTTCTTTATAGTGATACCAATTATGATCGGGGGCTTTGGCAACTGACTTGTTCCACTAATAA

MZ051929.1 ACCACTCATAAAGACATTGGCACCCTATACCTAATCTTTGGTGCCTGGGCAGGAATAATTGGTACTGCCCTCAGCCTACTAATTCGAGCAGAGTTAGCCCAGCCAGGGGCCCTCCTAGGCGATGACCAGATTTATAACGTCATTGTTACTGCCCATGCCTTCGTTATAATTTTCTTTATAGTGATACCAATTATGA

标签: pythonbiopython

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