python - 如何在python中将列表下载为fasta格式?
问题描述
我出于初学者的原因使用 google colab:/
pip install biopython
我打开了一个文件以稍后将其行用作搜索词
lines = []
with open('my_file.seq') as f:
lines = [line.rstrip() for line in f]
print(lines)
我正在使用搜索空间中的行
from Bio import SeqIO
from Bio import Entrez
handle = Entrez.efetch(db="nucleotide", id=lines, rettype="gb", retmode="text")
record_iterator = SeqIO.parse(handle, "gb")
for record in record_iterator:
print(record.id, record.seq)
handle.close()
而这正是我想要的。但是我怎样才能将它下载为像下面这样的 fasta 格式?最好与示例中的它们之间的空间。我有很多序列要下载,不知道这些信息是否会改变任何东西提前谢谢!
MZ051983.1 TTTGGTGCCTGGGCAGGAATAATTGGTACTGCCCTCAGCCTACTAATTCGAGCAGAGTTAGCCCAGCCAGGGGCCCTCCTAGGCGATGACCAGATTTATAACGTCATTGTTACTGCCCATGCCTTCGTTATAATTTTCTTTATAGTGATACCAATTATGATCGGGGGCTTTGGCAACTGACTTGTTCCACTAATAA
MZ051929.1 ACCACTCATAAAGACATTGGCACCCTATACCTAATCTTTGGTGCCTGGGCAGGAATAATTGGTACTGCCCTCAGCCTACTAATTCGAGCAGAGTTAGCCCAGCCAGGGGCCCTCCTAGGCGATGACCAGATTTATAACGTCATTGTTACTGCCCATGCCTTCGTTATAATTTTCTTTATAGTGATACCAATTATGA
解决方案
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