r - 个性化 `oncoplot()` 中来自 maftools 包的图例
问题描述
有没有办法个性化 R 中oncoplot
usingmaftools
包的图例?
例如,我想将“In_Frame_Del”更改为“In Frame Del”或其他。数据中不存在且由绘图功能自动创建的“Multi_Hit”术语的相同问题。
传奇故事情节
欢迎任何帮助!我的代码:
clinical_data <- read_csv("clinical.csv") %>%
select(Tumor_Sample_Barcode, race)
library(maftools)
mafdf <-
read.maf(maf = "mafdata.maf"),
vc_nonSyn=c("frameshift_deletion", "frameshift_insertion",
"nonframeshift_deletion", "nonframeshift_insertion",
"splicing", "stopgain_SNV", "stoploss_SNV", "nonsynonymous_SNV"),
clinicalData = clinical_data)
oncoplot(mafdf, clinicalFeatures = "race", sortByAnnotation = TRUE,
anno_height = .5, legend_height = 3)
解决方案
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