r - 以节点为边属性的二分图投影
问题描述
我有一个二分图,我希望这个图的投影具有边缘属性,记录它们通过哪些节点连接。例如:
require(igraph)
set.seed(123)
g <- sample_bipartite(5, 5, p =.5)
V(g)$name <- c(letters[1:5], 1:5)
g1 <- bipartite_projection(g)[[1]]
g2 <- bipartite_projection(g)[[2]]
par(mfrow = c(1, 3))
plot(g,
vertex.shape = ifelse(V(g)$type == FALSE, "square", "circle"),
vertex.color = ifelse(V(g)$type == FALSE, "gold", "tomato"),
main = "Bipartite")
plot(g1,
main = "Projection 1")
plot(g2,
main = "Projection 2")
par(mfrow = c(1, 1))
我希望我手动添加到绘图中的信息位于网络对象中。它很容易在 igraph 中完成吗?谢谢。
解决方案
和bipartite_projection
如果您真的想使用bipartite_projection
,可以尝试定义您的自定义函数f
,如下所示:
f <- function(gp) {
df <- get.data.frame(gp)[1:2]
df$lbl <- apply(
df,
1,
function(v) {
max(do.call(intersect, unname(lapply(v, function(x) names(neighbors(g, x))))))
}
)
res <- graph_from_data_frame(df, directed = FALSE)
plot(res, edge.label = E(res)$lbl)
}
f(g1)
f(g2)
这使
没有bipartite_projection
下面是一个不使用的选项bipartite_projection
(以类似g1
的g2
方式获取)
g1 <- simplify(
graph_from_data_frame(
do.call(
rbind,
lapply(
Filter(
function(x) nrow(x) > 1,
split(get.data.frame(g), ~to)
),
function(d) {
with(
d,
cbind(data.frame(t(combn(from, 2))), weight = unique(to))
)
}
)
),
directed = FALSE
),
edge.attr.comb = "max"
)
并plot(g1, edge.label = E(g1)$weight)
给出
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