r - 如何从 t 检验和条形图的数据列表中选择特定的两组?
问题描述
如何从数据中选择两组进行 t 检验和条形图?我有由几个组/基材(即 O1、O2、O3、S_O4、S_O5 等)组成的数据,我需要使用特定的两组/基材(例如 O1 和 S_O5)绘制条形图,然后运行 t -测试。我需要帮忙。请检查附件中的 Excel 数据链接好吗?
library(ggpubr)
library(rstatix)
library(xlsx)
library(patchwork)
df<-read.xlsx("umar_02.xlsx", header = T, 1)
# Statistical test
######## Figure 1 ########
stat.test <- df %>%
t_test(Moisture_content ~ substrate) %>%
add_significance()
stat.test
# Box plots with p-values
bxp1 <- ggboxplot(df, x = "substrate", y = "Moisture_content", fill = "substrate",
palette = c("#00AFBB", "#E7B800"), width = 0.35)
stat.test <- stat.test %>% add_xy_position(x = "substrate")
bxp1 +
stat_pvalue_manual(stat.test, label = "p = {p}") +
scale_y_continuous(expand = expansion(mult = c(0.05, 0.1)))+
theme(
aspect.ratio = 3
)
Excel 数据:在此处输入链接描述
解决方案
我们可能需要filter
与%in%
library(dplyr)
stat.test <- df %>%
filter(Ortamlar %in% c("O1", "S_O5")) %>%
rename(substrate = Ortamlar) %>%
t_test(Moisture_content ~ substrate) %>%
add_significance()
-输出
stat.test
# A tibble: 1 x 9
.y. group1 group2 n1 n2 statistic df p p.signif
* <chr> <chr> <chr> <int> <int> <dbl> <dbl> <dbl> <chr>
1 Moisture_content O1 S_O5 3 3 -2.20 2.50 0.132 ns
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