python - 在 scanpy 中执行 sc.tl.rank_genes_groups 后将基因列表导出到 .csv
问题描述
我对 Python 和 Scanpy 比较陌生,最近我通过使用
sc.tl.rank_genes_groups
scanpy 中的函数。然后我可以通过执行此命令集将这些基因列在控制台中
result = adata_subset.uns['rank_genes_groups']
` groups = result['names'].dtype.names
pd.DataFrame(
{group + '_' + key[:1]: result[key][group]
for group in groups for key in ['names','logfoldchanges','pvals','pvals_adj']})'
但是,我希望可以通过 csv 文件访问它,因为这个列表没有显示所有基因......任何帮助将不胜感激!提前致谢
解决方案
创建数据框后,您只需使用 to_csv 函数:
result = adata_subset.uns['rank_genes_groups']
groups = result['names'].dtype.names
df = pd.DataFrame(
{group + '_' + key[:1]: result[key][group]
for group in groups for key in ['names','logfoldchanges','pvals','pvals_adj']})
df.to_csv('path/to/file.csv')
推荐阅读
- mysql - 检索由follows sql,mysql共享的其他用户帖子
- python - matplotlib 可重现图
- google-apps - 在开发者控制台中更新 android 内部测试应用
- xml - Odoo 11. 从 xml 导入
- python - pyspark - 如何删除所有重复的行(忽略某些列)而不留下任何重复的对?
- python - 如何在 python 中正确添加和递增整数字典值?
- powerbi - Power BI - 在另一条记录的时间范围内查找记录
- r - 从长到宽的数据重塑
- android - WorkManager beginUniqueWork 队列在第一次工作后没有被调用
- ios - 添加新对话框时的 Quickblox iOS 通知