时间戳

首页 > 解决方案 > Conda 4.10.3 和 Snakemake >5 "__conda_exe" 问题

conda - Conda 4.10.3 和 Snakemake >5 "__conda_exe" 问题

问题描述

我有以下问题，当我使用下面的命令时，snakemake 似乎无法使用 --use-conda 选项解决环境的创建问题。

如果我不使用snakemake的这个选项并在由conda而不是snakemake创建的适当环境中启动snakefile，则命令执行是可以的。

有人有同样的问题吗？

谢谢，

命令：

snakemake -p -d ./ -s 00_Quality_Check.smk -j 4 --use-conda

版本：

错误信息：

Building DAG of jobs...
CreateCondaEnvironmentException:
Unable to check conda version:
environment: ligne 10: __conda_exe : commande introuvable

  File "/home/usr/miniconda3/envs/snake/lib/python3.9/site-packages/snakemake/deployment/conda.py", line 232, in create
  File "/home/usr/miniconda3/envs/snake/lib/python3.9/site-packages/snakemake/deployment/conda.py", line 343, in __new__
  File "/home/usr/miniconda3/envs/snake/lib/python3.9/site-packages/snakemake/deployment/conda.py", line 356, in __init__
  File "/home/usr/miniconda3/envs/snake/lib/python3.9/site-packages/snakemake/deployment/conda.py", line 410, in _check

版本：

错误信息：

Building DAG of jobs...
environment: ligne 10: __conda_exe : commande introuvable
Traceback (most recent call last):
  File "/home/usr/miniconda3/envs/snake/lib/python3.9/site-packages/snakemake/__init__.py", line 699, in snakemake
    success = workflow.execute(
  File "/home/usr/miniconda3/envs/snake/lib/python3.9/site-packages/snakemake/workflow.py", line 933, in execute
    dag.create_conda_envs(
  File "/home/usr/miniconda3/envs/snake/lib/python3.9/site-packages/snakemake/dag.py", line 304, in create_conda_envs
    env.create(dryrun)
  File "/home/usr/miniconda3/envs/snake/lib/python3.9/site-packages/snakemake/deployment/conda.py", line 281, in create
    conda = Conda(self._container_img)
  File "/home/usr/miniconda3/envs/snake/lib/python3.9/site-packages/snakemake/deployment/conda.py", line 433, in __init__
    shell.check_output(self._get_cmd("conda info --json"))
  File "/home/usr/miniconda3/envs/snake/lib/python3.9/site-packages/snakemake/shell.py", line 63, in check_output
    return sp.check_output(cmd, shell=True, executable=executable, **kwargs)
  File "/home/usr/miniconda3/envs/snake/lib/python3.9/subprocess.py", line 424, in check_output
    return run(*popenargs, stdout=PIPE, timeout=timeout, check=True,
  File "/home/usr/miniconda3/envs/snake/lib/python3.9/subprocess.py", line 528, in run
    raise CalledProcessError(retcode, process.args,
subprocess.CalledProcessError: Command 'conda info --json' returned non-zero exit status 127.

标签： condasnakemake

解决方案

这可能与这个长期开放的 conda 问题有关：

https://github.com/conda/conda/issues/7980

基本上，默认情况下您不能从脚本中运行 conda。

为了解决这个问题，以前人们在他们的 ~/.bashrc 或 ~/.bash_profile 中放在 conda 节之后（即，在 "# <<< conda initialize <<<" 之后）：

# Make these functions available to scripts.
export -f conda
export -f __conda_activate
export -f __add_sys_prefix_to_path
export -f __conda_hashr

但看起来 conda 中的某些内容最近发生了变化。现在以下可能就足够了：

# Make these functions available to scripts.
export -f conda
export -f __conda_activate
export -f __conda_reactivate
export -f __conda_exe

如果这些都不起作用，只需使用大锤：

# Make these functions available to scripts.
export -f conda
export -f __conda_activate
export -f __conda_reactivate
export -f __add_sys_prefix_to_path
export -f __conda_hashr
export -f __conda_exe

执行上述操作有助于修复上面为同事报告的相同错误。

重要提示：您需要注销并重新登录才能正常工作。

要进行测试，请将“conda info --json”放入脚本中，然后运行该脚本。如果您看到一堵 JSON 墙，那么您已经解决了问题。

推荐阅读