r - r中的循环共定位

Question

我正在尝试在 R https://cran.r-project.org/web/packages/coloc/coloc.pdf中循环共定位分析。使用 R 包coloc。函数coloc.abf在由约 1000 个 SNP 和相应的 beta、p 值和 se 组成的数据集上调用。

result <- coloc.abf(dataset$p1, dataset$beta1, dataset$se1, dataset$p2, dataset$beta2, dataset$se2)  

此代码为整个数据集运行 coloc。输出是：

PP.H0.abf PP.H1.abf PP.H2.abf PP.H3.abf PP.H4.abf 
6.31e-100  9.92e-01 1.63e-102  2.56e-03  5.09e-03 
[1] "PP abf for shared variant: 0.509%" 

但是我想为每个 SNP 单独运行它。

我已经尝试过

individual <- lapply(dataset[c(1:1000),], function(i){

result <- coloc.abf(dataset$p1, dataset$beta1, dataset$se1, dataset$p2, dataset$beta2, dataset$se2)

}) 

但这只是给了我上述输出 1000 次

PP.H0.abf PP.H1.abf PP.H2.abf PP.H3.abf PP.H4.abf 
6.31e-100  9.92e-01 1.63e-102  2.56e-03  5.09e-03 
[1] "PP abf for shared variant: 0.509%" 

我该如何修改这个循环，以便它对每个 SNP/行进行分析，并给出大约 1000 个不同的结果？

谢谢！

标签： rloops