首页 > 解决方案 > [google-colaboratory]如何使用 R 内核在 google-colaboratory 上设置 X11 DISPLAY 变量

问题描述

这是我的第一篇文章,我在生物信息学方面没有太多经验。

运行时:

 doIMRMC(df_formated1)

从带有 R 内核的 google-colaboratory 上的iMRMC 包中,我收到以下错误: 输出

然后我尝试使用以下代码解决 stdout 和 stderr 问题:

 iMRMCjarFullPath <- "/usr/local/lib/R/site-library/iMRMC/java/iMRMC-v4.0.3.jar"

 inputFile<-"/content/df_formated1"

 system2(command = "java", args = c("-jar", iMRMCjarFullPath, inputFile),stdout ="/content/result1",stderr = "/content/stderr.txt")

但我在 stderr 文件中收到以下消息:

线程“main”java.awt.HeadlessException 中的异常:未设置 X11 DISPLAY 变量,但该程序执行了需要它的操作。

我想知道如何在 google-colaboratory 上设置 X11 DISPLAY 变量。

提前谢谢了。

标签: rgoogle-colaboratoryx11-forwarding

解决方案


推荐阅读