r - 如何使用phylogram包转换和根树状图？

Question

我正在尝试为数据集创建系统发育树。最初，我尝试使用ape包，但收到以下错误：

# Sample dataset
df = data.frame(a = 1:4, b=4:7, c = 9:12)
rownames(df) = c("r1", "r2", "r3", "r4")
d = dist(df)

# Neighbor Joining Algorithm from ape
ape::nj(d)

错误：
reorderRcpp(x$edge, as.integer(nb.tip), as.integer(nb.tip + 1L), :
函数 'Rcpp_precious_remove' 不是由包'Rcpp' 提供的错误
我已经尝试了另一个提供的解决方案关于更新 Rcpp的帖子，但这对我的情况没有帮助。

# Perform hclust and use Phylogram package to create phylogenetic tree
hc = hclust(d)
dend = as.dendrogram(hc)
phyl = phylogram::as.phylo.dendrogram(dend)
phyl

# Result
# Phylogenetic tree with 4 tips and 3 internal nodes.
#
# Tip labels:
#  r1, r4, r2, r3
#
# Rooted; includes branch lengths.

我尝试使用phylogram包来准备系统发育树。但是，如何使用say 来root 这棵树，r3然后plot呢？

标签： rplotdendrogramphylogenyhclust