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png - 有没有办法编辑 NIfTI 图像以删除切片？

问题描述

我们拥有的许多医学图像由黑色图像组成。我试图通过将NIfTI文件转换为一系列 PNG、删除 PNG 并转换回来来消除它们。有人知道更好的方法吗？

标签： pngnifti

解决方案

你可以用 SimpleITK 做到这一点，但你是用别的东西替换黑色图像吗？还是您只是将剩余的图像压缩在一起？这会弄乱 2d 切片的 3d 位置。

如果您只想取出一个黑色切片并折叠剩余的切片，您可以执行以下操作：

import SimpleITK as sitk

img = sitk.ReadImage("your_3d_image.nii")

slices = []

# Extract the Z slices into a list
for i in img.GetDepth():
    slices.append(img[i])

# Remove whichever slices you don't like
slices.remove(42)

# Create a new 3d image by joining together the remaining slices
new_img = sitk.JoinSeries(slices)

sitk.WriteImage(new_img, "your_new_3d_image.nii")

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