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python - Google Colab 中的图形工具安装问题

问题描述

从字面上看，昨天我所有使用图形工具库的 colab 笔记本都正常工作。我需要做的就是在开头添加以下几行：

!echo "deb http://downloads.skewed.de/apt bionic main" >> /etc/apt/sources.list;
!apt-key adv --keyserver keys.openpgp.org --recv-key 612DEFB798507F25;
!apt-get update;
!apt-get install python3-graph-tool python3-cairo python3-matplotlib;
!pip install ipympl;

然后我会写from graph_tool.all import *，一切都很好。这些说明是根据这个官方笔记本https://colab.research.google.com/github/count0/colab-gt/blob/master/colab-gt.ipynb。

然而，今天这个工作流程不再起作用了。安装命令很顺利，但是在导入模块时from graph_tool.all import *我得到了ModuleNotFoundError: No module named 'graph_tool'. 我已经尝试添加在 google colab 上安装图形工具包的问题中提出的命令，但它给了我相同的结果。

我已经读到这可能是由于图形工具对 python 3.6 的依赖而发生的，现在 Colab 有 3.7，因此我尝试在我的 colab 笔记本中使用 Python 3.6 创建 anaconda 环境：

!wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-4.5.4-Linux-x86_64.sh
!chmod +x Miniconda3-4.5.4-Linux-x86_64.sh
!bash ./Miniconda3-4.5.4-Linux-x86_64.sh -b -f -p /usr/local
!conda install -q -y --prefix /usr/local python=3.6 ujson
import sys
sys.path.append('/usr/local/lib/python3.6/site-packages')

然后我写了这一行（我认为它以某种方式将 anaconda 与我的笔记本绑定，但我不确定）：

!conda install -c conda-forge ipython jupyter

最后，我使用命令执行了安装（修改安装文档中的说明https://git.skewed.de/count0/graph-tool/-/wikis/installation-instructions）：

!conda install -c conda-forge graph-tool

在此之后，我可以导入模块。但我的问题是所有这些安装都非常慢。我安装图形工具可能需要一个小时，主要是因为 anaconda 解决环境的时间很长。

有人对 Colab 中的图形工具安装有更聪明的想法吗？我应该补充一点，我不能放弃在云中进行分析（我想轻松分享我的笔记本并让每个人都可以在线运行）。也许存在其他一些可以安装图形工具的交互式 python 笔记本？

提前感谢您的帮助。

标签： pythoninstallationanacondagoogle-colaboratorygraph-tool

解决方案

试试曼巴

这是一个使用 Mamba 安装的 Colab 笔记本。

总之，它

  • 安装 Miniconda Python 3.7 1
  • 安装Mamba（Conda 的快速版本）
  • 安装图形工具
  • 调整一些动态库的麻烦

重要提示： 使用的 GLIBCgraph-tool比 Colab 运行时中的系统版本更新。不幸的是，由于libstdc++.so是在运行时启动时加载的，因此仅添加一个 CondaLD_LIBRARY_PATH是不够的（即，系统 1 被缓存）。笔记本通过调整libstdc++.so.6的符号链接以指向 Conda 来对此进行调整。但是，在此之后必须重新启动运行时。之后，继续运行后续单元（即，您不应重新运行任何设置）。

[1] Colaboratory 目前运行的是 Python 3.7，而不是 Python 3.6，这可能是 OP 方法的问题之一。

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