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google-colaboratory - AlphaFold 内存不足错误，15 GB RAM 和 95 GB 磁盘空间未使用？

问题描述

我正在尝试使用此笔记本运行 AlphaFold 来预测大型蛋白质的结构。我已经多次使用这个笔记本来检测大小合理的蛋白质（300-800 氨基酸，如果有帮助的话），没有任何问题，但这种蛋白质几乎是 2,400 氨基酸。我首先尝试在一个免费的 Colab 帐户上运行它，该帐户显然没有足够的 RAM。我今天切换到 Colab Pro 并再次尝试，但得到了一个非常相似的错误消息，这次只是在代码本身中，而不是 colab 的那个小弹出提示购买 Pro。奇怪的是，整个运行从不使用超过 9 GB 的 RAM 和 60 GB 的磁盘空间（25 GB 的 RAM 和 155 GB 的可用磁盘空间），所以看起来我什至没有接近资源失败时限制并闪烁错误。

我是 colab 的新手，所以我不确定会发生什么，但似乎该程序可能会以某种方式“自我破坏”并施加与 colab 对 Pro 帐户的实际限制不同的资源限制。对此或其他一些可能性和潜在解决方案有什么想法吗？

提前致谢！

这是确切的错误消息：

running model_1
---------------------------------------------------------------------------
UnfilteredStackTrace                      Traceback (most recent call last)
<ipython-input-15-af48741e914e> in <module>()
     50                          model_params=model_params, use_model=use_model,
---> 51                          do_relax=use_amber)

13 frames
UnfilteredStackTrace: RuntimeError: RESOURCE_EXHAUSTED: Out of memory while trying to 
allocate 1465970944 bytes.

The stack trace below excludes JAX-internal frames.
The preceding is the original exception that occurred, unmodified.

--------------------

The above exception was the direct cause of the following exception:

RuntimeError                              Traceback (most recent call last)
/usr/local/lib/python3.7/dist-packages/jax/interpreters/xla.py in 
_execute_compiled(compiled, avals, handlers, kept_var_idx, *args)
    958           for i, x in enumerate(args)
    959           if x is not token and i in kept_var_idx))
--> 960   out_bufs = compiled.execute(input_bufs)
    961   check_special(xla_call_p.name, out_bufs)
    962   return [handler(*bs) for handler, bs in zip(handlers, 
_partition_outputs(avals, out_bufs))]

RuntimeError: RESOURCE_EXHAUSTED: Out of memory while trying to allocate 1465970944 
bytes.

标签： google-colaboratory

解决方案

看起来您的 GPU 内存（最大 ~15GB）用完了，而不是系统内存。我也有同样的问题。不幸的是，如果可能的话，唯一的解决办法是截断蛋白质。

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