r - toJSON 转换问题
问题描述
我一直在尝试在 R (4.0.3) 中提取多个 DNA 序列比对,从 Ensembl调用比对 REST API 端点。下面是一个玩具示例:
library(httr)
library(jsonlite)
tmp_chr = "16"
tmp_seq_str = "87187517"
tmp_seq_end = "87187717"
server = "http://rest.ensembl.org"
ext = paste0("/alignment/region/homo_sapiens/", tmp_chr, ":", tmp_seq_str, "-",
tmp_seq_end, "?species_set_group=primates")
r = GET(paste(server, ext, sep = ""), content_type("application/json"))
json_object = fromJSON(toJSON(content(r)))[[1]]
toJSON 函数适用于某些基因组位置,但不适用于其他一些给出以下错误消息的位置:
toJSON(content(r)) 中的错误:无法将 R 类型 22 转换为 JSON
我想知道我是否做错了什么,或者这是否是 jsonlite 的问题。如果您需要任何其他信息来重现错误,请告诉我。非常感谢!