首页 > 解决方案 > toJSON 转换问题

问题描述

我一直在尝试在 R (4.0.3) 中提取多个 DNA 序列比对,从 Ensembl调用比对 REST API 端点。下面是一个玩具示例:

    library(httr)
    library(jsonlite)
    
    tmp_chr = "16"
    tmp_seq_str = "87187517"
    tmp_seq_end = "87187717"

    server = "http://rest.ensembl.org"
    ext = paste0("/alignment/region/homo_sapiens/", tmp_chr, ":", tmp_seq_str, "-", 
                  tmp_seq_end, "?species_set_group=primates")
    
    r = GET(paste(server, ext, sep = ""), content_type("application/json"))
     
    json_object = fromJSON(toJSON(content(r)))[[1]]

toJSON 函数适用于某些基因组位置,但不适用于其他一些给出以下错误消息的位置:

toJSON(content(r)) 中的错误:无法将 R 类型 22 转换为 JSON

我想知道我是否做错了什么,或者这是否是 jsonlite 的问题。如果您需要任何其他信息来重现错误,请告诉我。非常感谢!

标签: rjsonjsonlite

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