时间戳

首页 > 解决方案 > 如何在 R 中记录（x + 1）数据框或矩阵

r - 如何在 R 中记录（x + 1）数据框或矩阵

问题描述

我是编码新手，正在做一些基因表达分析。我有一个非常幼稚的问题。我有一些基因表达数据框，其中基因名称作为行，细胞名称作为列示例基因 exp。数据框。我想对数据进行 log2 转换，但对 log 和 log+1 感到困惑。如何在 R 中执行数据帧的 log2+1 (log(x + 1)) 转换？它与log2转换相同吗？我应该这样做t=log(v+1)吗？任何帮助将不胜感激。

标签： rdataframenormalization

解决方案

例如dummy数据

dummy <- data.frame(
  x = c(1,2,3,4,5),
  y = c(2,3,4,5,6)
)
dummy 
  x y
1 1 2
2 2 3
3 3 4
4 4 5
5 5 6

如果您只想log2转换数据，只需使用log(., base = 2)like

log(dummy, base = 2)
         x        y
1 0.000000 1.000000
2 1.000000 1.584963
3 1.584963 2.000000
4 2.000000 2.321928
5 2.321928 2.584963

如果你想log2(x+1)那么log(dummy+1, base = 2),或者如果你log2(x)+1只想log(dummy, base = 2) + 1

推荐阅读