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python - 如何加速这个 Pandas for 循环

问题描述

我在 Python 中有以下数据：

list1=[[ENS_ID1,ENS_ID2,ENS_ID3], [ENS_ID10,ENS_ID24,ENS_ID30] , ....]

映射（一个数据框，在第一列中我有一个 Ensemble 基因 ID，在第二列中是相应的 MGI 基因 ID）

ENS_ID MGI_ID
ENS_ID1 MGI_ID1
ENS_ID2 MGI_ID2

我正在尝试获取另一个列表列表，而不是 ENS_ID 我有 MGI_ID。为了映射 ID，我使用嵌套在另一个循环中的 for 循环，但显然，作为一种方法，它真的很慢。我怎样才能加快速度？这是代码：

for l in ens_lists:
  mgi = []
  for i in l:
      mgi.append(mapping['MGI_ID'][mapping[mapping['ENSEMBL_ID']==i].index].values[0])
  mgi_lists.append(mgi)

标签： pythonpandasperformancefor-loop

解决方案

作为一种快速解决方案，您可以尝试使用 listcomp 而不是 append，这应该会更快：

mgi_lists = [[mapping['MGI_ID'][mapping[mapping['ENSEMBL_ID']==i].index].values[0] for i in l] for l in ens_lists]

关于为什么 listcomp 更快的一些解释在这里

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