r - rjags 中每个链的每个参数使用的初始值是否相同？我正在使用 coda.samples 进行采样

Question

我有几个参数，不希望手动指定 n=3 链的初始值。我想知道 RJAGS 是否会为每个链提供不同的初始值。JAGS的手册说，每个链都使用相同的初始值，但是当我尝试在没有任何调整的情况下获取一些样本时，初始值似乎不同。谢谢。

标签： rmcmcjagsrjags

Answer 1

jags.model()如果您不提供它们，看起来将使用相同的初始值。由于 MCMC 采样中固有的随机性，这些样本将彼此不同，因此这并不表示使用了不同的初始值。您可以使用该state()函数在初始化后查看模型的状态，这将给出所有初始值。这是一个简单的例子。当我们不为 提供初始值时mu，它们都是 0。

jd <- list(x = runif(100))
jm <- "
model{
for(i in 1:100){
 x[i] ~ dnorm(mu, 1)
}
mu ~ dnorm(0,3)
}
"
cat(jm, file="tmp.mod")
jm <- jags.model("tmp.mod", data=jd, n.chains=2)
jm$state()
# [[1]]
# [[1]]$mu
# [1] 0
# 
# 
# [[2]]
# [[2]]$mu
# [1] 0

当我们提供初始值时，该state()函数会识别它们实际上是我们提供的值。

jm2 <- jags.model("tmp.mod", 
                 data=jd, 
                 n.chains=2, 
                 inits = list(list(mu=2), list(mu=-2)))

jm2$state()
# [[1]]
# [[1]]$mu
# [1] 2
# 
# 
# [[2]]
# [[2]]$mu
# [1] -2