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r - 计算介于其他两个列值（范围）之间的列值

问题描述

我有两个数据框（Droplets 和 Nucleus），其中包含来自图像中数千个对象的数据，如下所示：

head(Droplets)
  class_name object_id centroid_y centroid_x
  <chr>          <dbl>      <dbl>      <dbl>
1 Droplet            1         47        621
2 Droplet            2        173        106
3 Droplet            3        158        949
4 Droplet            4        176        627
5 Droplet            5        619        154
6 Droplet            6        631       1361


 head(Nucleus)
  class_name object_id  area bbox_y_start bbox_x_start bbox_y_end bbox_x_end
  <chr>          <dbl> <dbl>        <dbl>        <dbl>      <dbl>      <dbl>
1 Nucleus            1  8973            0           95        102        213
2 Nucleus            2  1592            0          189         36        257
3 Nucleus            3  2980            0          256         43        348
4 Nucleus            4  4664            0          404         93        490
5 Nucleus            5  3973            0          486         79        560
6 Nucleus            6   737            0          564         16        635

液滴是核内的点。所有液滴都在核内，但一个核也可能有 0 个液滴。我正在尝试找出一种方法来根据它们的位置计算 Nucleus 中有多少液滴。我相信 Droplet 是一个点，而 Nucleus 可能是多边形。我读到了point.in.polygon。我还尝试查看 centroid_y 和 centroid_x 是否都在 bbox 的范围内。但我不是 R 忍者，我不知道如何开始。所需的输出将是这样的：

  class_name object_id Droplets_count
1    Nucleus         1              1
2    Nucleus         2              2
3    Nucleus         3              3
4    Nucleus         4              0
5    Nucleus         5              0
6    Nucleus         6              1

有什么简单的方法吗？谢谢！

标签： r

解决方案

data.table方法

library(data.table)
# convert to data.table format using
#   setDT(Droplets); setDT(Nucleus)

# Perform non-equi left join
ans <- Droplets[Nucleus, on = .(centroid_y >= bbox_y_start,
                         centroid_y <= bbox_y_end,
                         centroid_x >= bbox_x_start,
                         centroid_x <= bbox_x_end)][]
# summarise
ans[, .(Droplets_count = uniqueN(object_id, na.rm = TRUE)), 
        by = .(Nucleus_id = i.object_id)]

   Nucleus_id Droplets_count
1:          1              2
2:          2              0
3:          3              1
4:          4              1
5:          5              0
6:          6              2

使用的样本数据

library(data.table)
Droplets <- fread("class_name object_id centroid_y centroid_x
    Droplet         1         21        152
    Droplet         2          6        126
    Droplet         3         36        301
    Droplet         4         66        426
    Droplet         5          8        599
    Droplet         6         12        602")

Nucleus <- fread("class_name object_id area bbox_y_start bbox_x_start bbox_y_end bbox_x_end
    Nucleus         1 8973            0           95        102        213
    Nucleus         2 1592            0          189         36        257
    Nucleus         3 2980            0          256         43        348
    Nucleus         4 4664            0          404         93        490
    Nucleus         5 3973            0          486         79        560
    Nucleus         6  737            0          564         16        635")

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