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python - 如何在VTK管道（Python）中使用VTK_array？

问题描述

我是新手vtk，正在尝试使用 DICOM 文件进行体积渲染。

当我尝试使用带有以下代码的 VTK 读取 DICOM 文件时：

import vtk
reader = vtk.vtkDICOMImageReader()
reader.SetDirectoryName(r"C:\Users\I_0001")
reader.Update()

我收到以下错误：

ERROR: In ..\IO\Image\vtkDICOMImageReader.cxx, line 143
vtkDICOMImageReader (000001DC61D2FED0): Couldn't open C:\Users\I_0001

ERROR: In ..\IO\Image\vtkDICOMImageReader.cxx, line 237
vtkDICOMImageReader (000001DC61D2FED0): Either a filename was not specified or the specified directory does not contain any DICOM images.

ERROR: In ..\Common\ExecutionModel\vtkExecutive.cxx, line 753
vtkCompositeDataPipeline (000001DC5C4A0A90): Algorithm vtkDICOMImageReader(000001DC61D2FED0) returned failure for request: vtkInformation (000001DC5F8E72A0)
  Debug: Off
  Modified Time: 207
  Reference Count: 1
  Registered Events: (none)
  Request: REQUEST_DATA
  FORWARD_DIRECTION: 0
  ALGORITHM_AFTER_FORWARD: 1
  FROM_OUTPUT_PORT: 0

我知道该文件没有损坏，因为当我尝试使用 pydicom 读取它时它可以工作。我尝试使用 pydicom 将文件读入 numpy 数组，然后使用 numpy_support.numpy_to_vtk 转换为 vtk 数组。但是我不知道如何将这些图像插入到我的 vtk 管道中，该管道使用 reader.GetOutputPort() 来启动管道。有人可以帮我将作为 VTK 数组的 DICOM 文件图像插入 VTK 管道吗？

这是我当前的代码：

# reading the data and converting it to VTK array using numpy_support
fileVolume = r"C:\Users\I_0001"
dicomVolume = pydicom.read_file(fileVolume)
shape = dicomVolume.pixel_array.shape
VTK_data = numpy_support.numpy_to_vtk(num_array=dicomVolume.pixel_array.ravel(), deep=True, array_type=vtk.VTK_FLOAT)


#need to insert VTK data here instead of using the vtk DICOM Image Reader
# Create the reader for the data.
reader = vtk.vtkDICOMImageReader()
reader.SetDirectoryName(r"C:\Users\I_0001")
reader.Update()

mapper = vtk.vtkDataSetMapper()
mapper.SetInputData(reader.GetOutput())

标签： pythonvtkpydicom

解决方案

使用@Nico Vuaille链接的VTKWithNumpy示例，我能够将我的numpy 数组转换为VTK 图像对象。

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