r - 是否有 R 函数将 PMID 引入 R 并提取附属/作者/标题数据？

Question

我正在寻找一个 R 脚本，它将一个 PMID 列表作为输入，并允许我创建一个数据框，包括 pmid、标题、作者和“地址”或作者隶属关系。我已经使用以下代码直接进行搜索，但似乎无法弄清楚如何通过 PMIDS 的“手动”输入来复制该过程。任何帮助或简化代码都会很棒！！

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my_query<-'("critical care"[MeSH Major Topic] OR "Intensive Care Units"[MeSH Major Topic]) AND ("Covid-19"[MeSH Major Topic] OR "SARS-CoV-2"[MeSH Major Topic])'
my_entrez_id <- get_pubmed_ids(my_query)
my_abstracts_txt <- fetch_pubmed_data(my_entrez_id, format = "abstract")

my_abstracts_xml <- fetch_pubmed_data(pubmed_id_list = my_entrez_id)

my_PM_list <- articles_to_list(pubmed_data = my_abstracts_xml)

xx <- lapply(my_PM_list, article_to_df, autofill = TRUE, max_chars = 50) #takes forever
full_df <- do.call(rbind, xx)

full_df[seq(1, nrow(full_df), by = 10), c("pmid", "doi", "title", "abstract", "year", "month", "day", "jabbrv", "journal", "lastname", "firstname", "address", "email")] 

标签： rdataframeimportpubmed