r - DESeqDataSetFromHTSeqCount 无法识别我的目录
问题描述
我目前正在尝试对从 HTSeq 收到的一个计数文件运行 DESeqDataSetFromHTSeqCount。出于某种原因,DESeqDataSetFromHTSeqCount 似乎找不到我的目录,我收到此错误:
Error in file(file, "rt") : cannot open the connection
In addition: Warning message:
In file(file, "rt") :
cannot open file 'C:/Users/me/Documents/genomes//0': No such file or directory
当我运行 getwd() 时,文件位置是正确的。我不知道 /0 表示什么并且我没有想法。任何建议都会有所帮助!!
我的运行代码是:
directory <- "C:/Users/me/Documents/genomes/"
setwd(directory)
countData <- read.csv("HTSeqoutputgene.txt", header = TRUE, sep = "\t")
outputPrefix <- "SRR11_DESeq2"
sampleFiles<- countData
condition <- "Treated"
sampleTable <- data.frame(sampleName = sampleFiles[1],
fileName = sampleFiles[2],
condition = condition)
dim(sampleTable) sampleTable$condition <- factor(sampleTable$condition)
ddsHTSeq <- DESeqDataSetFromHTSeqCount(sampleTable = sampleTable,
directory = directory,
design= ~ condition)
提前致谢
解决方案
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