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vcftools - 使用 bcftools 从 vcf 创建每个样本表

问题描述

我有一个多样本 vcf 文件，我想在左列中获取一个 ID 表，其中包含它们具有备用等位基因的变体。它应该如下所示：

ID1 chr2:87432:A:T_0/1 chr10:43234:C:G_1/1
ID2 chr2:87432_A:T_1/1 
ID3 chr11:432434:T:G chr14:34234234:C:G chr20:34324234:T:C

这是然后读入R

我尝试过以下组合：

bcftools query -f '[%SAMPLE\t] %CHROM:%POS:%REF:%ALT[%GT]\n' 但我不断在同一行上重叠样本 ID，我无法完全弄清楚 sytnax。

您的帮助将不胜感激

标签： vcftoolsbcftools

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