r - 如何使用 filterbyExpr

Question

我正在尝试分析一些 RNA seq 数据，但无法理解 EdgeR。我想过滤掉计数低的读取，但是当我运行我的代码时，我收到一条错误消息，指出该函数仅支持 DGEList 对象作为对象参数。如何在将数据保留为 DGEList 对象的同时使用 filterbyExpr？

    original_list <- read.delim("flies_raw_counts.csv", header=TRUE, row.names=1)

groups <- c(1,2) 
DGEList <- DGEList(original_list, group=groups)
filtered_list <- filterByExpr(original_list, group=groups)

bcv <- 0.1 #this is according to section of the userguide


DE_genes <- exactTest(filtered_list, dispersion = bcv^2) 

这将返回：

Error in exactTest(filtered_list, dispersion = bcv^2) : 

目前仅支持 DGEList 对象作为对象参数。

标签： rrna-seq