时间戳

首页 > 解决方案 > 带有空变量的 Else-If Satement 不起作用

bash - 带有空变量的 Else-If Satement 不起作用

问题描述

我正在尝试在 shell/bash 脚本中编写一个 if-else 条件，该条件将用于许多不同的文件，因此它不适合某种结构。

我有三个不同的文件，并且从这些文件中的每个文件中选择了最多三个不同的变量，这些变量进入 if-else 语句。在我的脚本中，我在开头写了这个（可能可以用更好的方式写）如下：

ANC1=$(sed -n 1p file1 | cut -f 1 -d' ' )
ANC2=$(sed -n 2p file1 | cut -f 1 -d' ' )
ANC3=$(sed -n 3p file1 | cut -f 1 -d' ' )

ANC11=$(sed -n 1p file2 | cut -f 1 -d' ' )
ANC21=$(sed -n 2p file2 | cut -f 1 -d' ' )
ANC31=$(sed -n 3p file2 | cut -f 1 -d' ' )

ANC15=$(sed -n 1p file3 | cut -f 1 -d' ' )
ANC25=$(sed -n 2p file3 | cut -f 1 -d' ' )
ANC35=$(sed -n 3p file3 | cut -f 1 -d' ' )

例如，从这些文件中，可能会产生以下变量：

echo ${ANC1}
FIN
echo ${ANC2}
NFE
echo ${ANC3}


echo ${ANC11}
FIN
echo ${ANC21}
NFE
echo ${ANC31}


echo ${ANC15}
FIN
echo ${ANC25}
NFE
echo ${ANC35}
SAS

从这里开始，我编写了 if-else 语句（考虑到上述三个文件中可能缺少的变量）。为了理解它，尝试执行以下操作：

第一个条件：如果所有变量都不为空；第二个条件：如果第三个变量是唯一缺失的变量；第三个条件：如果第三个和第二个变量为空 

if [ "${ANC3}" != "" ] || [ "${ANC31}" != "" ] || [ "${ANC35}" != "" ]; then

    echo "***** three variables *****"

    bcftools merge -m both \
    fileref1.genotypes_${ANC1}.vcf.gz \
    fileref1.genotypes_${ANC2}.vcf.gz \
    fileref1.genotypes_${ANC3}.vcf.gz \
    -Oz \
    -o fileref1.new.genotypes_${ANC1}.${ANC2}.${ANC3}.vcf.gz

    bcftools merge -m both \
    fileref2.genotypes_${ANC11}.vcf.gz \
    fileref2.genotypes_${ANC21}.vcf.gz \
    fileref2.genotypes_${ANC31}.vcf.gz \
    -Oz \
    -o fileref2.new.genotypes_${ANC11}.${ANC21}.${ANC31}.vcf.gz

    bcftools merge -m both \
    fileref3.genotypes_${ANC15}.vcf.gz \
    fileref3.genotypes_${ANC25}.vcf.gz \
    fileref3.genotypes_${ANC35}.vcf.gz \
    -Oz \
    -o fileref1.new.genotypes_${ANC15}.${ANC25}.${ANC35}.vcf.gz

elif 
    [ "${ANC3}" == "" -a "${ANC2}" != "" ] || [ "${ANC31}" == "" -a "${ANC21}" != "" ] || [ "${ANC35}" == "" -a "${ANC25}" != "" ]; then

    echo "***** two variables *****"

    bcftools merge -m both \
    fileref1.genotypes_${ANC1}.vcf.gz \
    fileref1.genotypes_${ANC2}.vcf.gz \
    -Oz \
    -o fileref1.new.genotypes_${ANC1}.${ANC2}.vcf.gz

    bcftools merge -m both \
    fileref2.genotypes_${ANC11}.vcf.gz \
    fileref2.genotypes_${ANC21}.vcf.gz \
    -Oz \
    -o fileref2.new.genotypes_${ANC11}.${ANC21}.vcf.gz

    bcftools merge -m both \
    fileref3.genotypes_${ANC15}.vcf.gz \
    fileref3.genotypes_${ANC25}.vcf.gz \
    -Oz \
    -o fileref1.new.genotypes_${ANC15}.${ANC25}.vcf.gz

elif 
    [ "${ANC3}" == "" -a "${ANC2}" == "" ] || [ "${ANC31}" == "" -a "${ANC21}" == "" ] || [ "${ANC35}" == "" -a "${ANC25}" == "" ]; then 

    echo "***** one variable ***** "

    cp fileref1.genotypes_${ANC1}.vcf.gz fileref1.new.genotypes_${ANC1}.${ANC2}.vcf.gz

    cp fileref2.genotypes_${ANC11}.vcf.gz fileref2.new.genotypes_${ANC11}.vcf.gz

    cp fileref3.genotypes_${ANC15}.vcf.gz fileref1.new.genotypes_${ANC15}.vcf.gz

fi

每次我运行此脚本时，都应该生成 3 个文件，但有时并非如此。第一部分有效（对于所有变量都不为空的文件） - 但第二个和第三个条件似乎没有。我也尝试过分别指出缺失[ -z "${ANC3}" ]和[ -n "${ANC2}" ]非缺失，但这也不起作用。也试过[[ ]]比较[ ]，但还是一样。

有什么我明显遗漏的吗？

标签： bashif-statementbioinformaticsbcftools

解决方案

我不确定我是否理解逻辑应该如何工作，但我认为你可能对德摩根定律有疑问，这与逻辑否定与 AND 和 OR 的结合方式有关。英语在这方面往往很草率，所以当你把你想要的东西翻译成代码逻辑时，你必须仔细考虑。具体来说，你说的是“第一个条件：如果所有变量都不为空”，但是对应的if语句：

if [ "${ANC3}" != "" ] || [ "${ANC31}" != "" ] || [ "${ANC35}" != "" ]; then

..实际上对应于“如果任何变量不为空”。

在您给出的示例中，ANC3并且ANC31都是空的（所以前两个测试返回为假），并且ANC35不是空的（它是“SAS”），所以第三个测试是真的。false || false || true计算结果为真，因此if整个条件为真，并且该if语句的分支将被执行。如果只有一个变量为非空，这是否应该发生？

如果我对这个问题是正确的，那么第一个if语句应该有&&s 而不是||s，如下所示：

if [ "${ANC3}" != "" ] && [ "${ANC31}" != "" ] && [ "${ANC35}" != "" ]; then

测试也可能存在类似的问题elif，但正如我所说，我不确定我是否理解它应该正确执行的操作。

推荐阅读