r - 如何使用 Biomart 提取 Ciona gutis 的 prosite 模式

Question

通过使用 Biomart，我已经能够为一些物种的基因列表提取 prosite 模式。

例如对于人类，要提取 foxa3 基因的 prosite 模式，我将使用以下代码：

library(biomaRt)
ensembl[["hsapiens"]] <- useMart("ensembl", "hsapiens_gene_ensembl")

ensembl <- list()

prosite_foxa3_hsapiens <- getBM(attributes = c("ensembl_gene_id", 
                                      "scanprosite_start", 
                                      "ensembl_transcript_id", 
                                      "transcript_biotype"),
                       filters = "external_gene_name",
                       values = "foxa3" , 
                       mart = ensembl[["hsapiens"]])

我希望能够简单地将市场更改为适合 Ciona gutis 的市场并使用相同的属性，例如

library(biomaRt)

ensembl[["cintestinalis"]] <- useMart("ensembl", "cintestinalis_gene_ensembl")


prosite_foxa-a_cintestinalis <- getBM(attributes = c("ensembl_gene_id", 
                                      "scanprosite_start", 
                                      "ensembl_transcript_id", 
                                      "transcript_biotype"),
                       filters = "external_gene_name",
                       values = "foxa-a" , 
                       mart = ensembl[["cintestinalis"]])

不幸的是，在使用 Ciona gutis 时没有“prosite pattern start”属性，listAttributes(ensembl[["cintestinalis"]])即使 Ensembl 网站上提供了这些属性。

我想知道是否有解决方法？

标签： rbioinformaticsbiomart