r - 使用 meffil 进行 Illumina EPIC 甲基化分析

Question

我正在尝试使用 meffil 包对新的 Illumina EPIC 芯片甲基化数据进行质量控制。我之前已经将它与 Illumina 450k 一起使用，然后我使用了以下命令：

qc.parameters <- meffil.qc.parameters(beadnum.samples.threshold = 0.1,
                                      detectionp.samples.threshold = 0.1,
                                      detectionp.cpgs.threshold = 0.1,
                                      beadnum.cpgs.threshold = 0.1,
                                      sex.outlier.sd = 5,
                                      snp.concordance.threshold = 0.95,
                                      sample.genotype.concordance.threshold = 0.8)

qc.summary <- meffil.qc.summary(qc.objects, parameters = qc.parameters, genotypes=genotypes)

但是对于 450K，我有一个基因型文件。对于 EPIC 芯片，我只有 .idat 文件。有谁知道如何从 EPIC 芯片中调用基因型？

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